Vẫn biết rằng thuế là nguồn thu quan trọng của ngân sách Nhà nước, là một biện pháp bảo hộ sản xuất trong nước. Tại các nước phát triển thuế thu nhập có vai trò rất quan trọng còn ở nước ta thuế xuất nhập khẩu lại chiếm phần lớn trong nguồn thu của ngân sách.
Từ thực tế thì hiện nay thì hệ thống thuế của nước ta có nhiều vấn đề bất cập cần xem xét. Chúng ta chủ yếu tiến hành đánh thuế theo tỷ lệ phần trăm (%) đối với tổng giá trị hàng hoá tính theo giá CIF. Trong khi đó, các công ty nhập khẩu ở nước ta nói chung và chi nhánh Hà Nội nói riêng thường nhập khẩu theo giá CIF, lại nhập khẩu với giá trị lớn nên mức thuế phải nộp khá nhiều. Trong khi đó các công ty ở khu công nghiệp, khu chế xuất được quyền nhập khẩu máy móc, thiết bị với thuế suất bằng không trong khi chi nhánh vẫn phải chịu thuế. Điều này không tạo được sự cạnh tranh lành mạnh trên thị trường. Nhà nước cần điều chỉnh để tạo được sự công bằng trong kinh doanh.
Với mức độ của nền kinh tế Việt Nam hiện nay thì thuế nhập khẩu chỉ làm hạn chế việc nhập khẩu máy móc, thiết bị mà không có ý nghĩa bảo hộ sản xuất trong nước vì đây là loại hàng hoá mà nước ta không sản xuất được.
Xu hướng giảm thuế quan đang được thực hiện rộng rãi trên khắp thế giới để khuyến khích trao đổi mua bán giữa các nước. Đồng thời, đây cũng là yêu cầu bắt buộc để Việt Nam tham gia vào tổ chức thương mại thế giới WTO hay tham gia vào khu vực mậu dịch tự do của khu vực ASEAN (AFTA).
Như vậy, cho thấy Nhà nước cần nghiên cứu để sửa đổi thuế xuất nhập khẩu cho phù hợp để tạo điều kiện cho chi nhánh thực hiện tốt việc nhập khẩu linh kiện, máy móc, thiết bị.