Quy hoạch cảng biển hiện nay không phát triển kịp với nhu cầu. Việc quy hoạch hệ thống cảng biển cũng như từng cảng riêng biệt chưa được cân nhắc kỹ càng các yếu tố tổng hợp về quy hoạch kinh tế xã hội của cả nước, của vùng, quy hoạch các loại hình giao thông vận tải khác….
Cơ quan làm quy hoạch cảng biển chưa thống nhất về một mối nên rất khó trong việc có được cái nhìn tổng thể và dài hạn về hệ thống cảng biển Việt Nam
Quy hoạch cảng biển chưa có nhiều cơ sở dự báo nên không tránh khỏi việc quy hoạch nhưng không theo kịp với tình hình mới
Mạng lưới giao thông kết nối cảng với vùng hấp dẫn: Hoạt động cảng và kết nối với vùng hấp dẫn sau cảng có mối liên hệ chặt chẽ với nhau vì cảng biển VN hiện có một vài “nút cổ chai” như năng lực cảng không đáp ứng, tiếp cận bằng đường biển không hiệu quả, và kết nối đường bộ đường sắt không đầy đủ. Nếu không có đường tiếp cận trên bộ, cảng biển sẽ không thể thực hiện tốt được chức năng của mình, và giao thông thành phố sẽ bị ảnh hưởng nghiêm trọng. Những cải thiện to lớn ở lĩnh vực này là cần thiết và không thể bỏ qua.
Ùn tắc tại cảng: Công suất các cảng biển VN hiện nay đang ở mức quá thấp, chưa đáp ứng được nhu cầu vận tải bằng đường biển.
Cảng biển ở TP. Hồ Chí Minh xếp dỡ 3,2 triệu TEU vào năm 2007 và lượng hàng qua cảng đang tiếp tục tăng trưởng nhanh. Tháng 5/2008, cảng Chùa Vẽ ở Hải Phòng, bến cảng VICT và Cát Lái ở TP. Hồ Chí Minh đã phải đối mặt với tình trạng tắc nghẽn nghiêm trọng do lượng hàng tăng trưởng đến 20-30% so với tháng cùng kỳ năm trước. Giải pháp giải quyết ách tắc tại cảng hoàn toàn phụ thuộc vào việc phát triển kết cấu hạ tầng GTVT mới.
Về năng suất cảng: Điều quan trọng cần đạt được là giữ các chi phí cảng ở mức thấp cho các hoạt động XNK của Việt Nam. Do chi phí lao động ngày càng cao, cảng biển Việt Nam cần phải có một chiến lược nhằm nâng cao năng suất thông qua việc hiện đại hóa kết cấu hạ tầng và thiết bị xếp dỡ. Cần thiết hỗ trợ tài chính cho các cảng địa phương để đáp ứng nhu cầu vận tải ven biển.
Công suất các cảng: Việc tăng cao công suất cảng ở TP. Hồ Chí Minh và Hải Phòng có ý nghĩa cực kỳ quan trọng để đảm bảo sự tăng trưởng kinh tế đất nước. Những cảng này không thể giải quyết được tình trạng tắc nghẽn container nếu không có kế hoạch mở rộng bãi container cũng như hệ thống cảng cạn, thiết bị xếp dỡ hàng hóa, cầu cảng, nhân công lao động. Khu vực Cái Mép - Thị Vải đang phát triển bến cảng nước sâu và bến cảng container rộng và hiện đại, khu vực miền Bắc và miền Trung cũng cần phát triển những bến cảng tương tự. Ở miền Nam, cần quy hoạch phát triển nhiều hơn nữa để đáp ứngnhu cầu của loại tàu 8.000 TEU hoặc cao hơn.
Thiếu cảng nước sâu: Lợi ích của cảng nước sâu là có thể tiếp nhận tàu mẹ chạy biển xa nhằm phục vụ tuyến hàng hải dài, do đó cước phí vận tải biển đến các thị trường chính có thể được giảm nhiều. Nếu cước phí vận tải biển từ Việt Nam đi đến các thị trường lớn giảm 100-250 USD/TEU, tổng lợi ích của cả nền kinh tế sẽ vượt cao hơn chi phí đầu tư phát triển cảng nhiều lần. Chính sách cảng biển mới phải nhấn mạnh đến lợi ích của cảng nước sâu để tiếp nhận được tàu mẹ chạy biển xa.