Các yếu tố bản đồ được tổ chức logic bằng một tập hợp các lớp. Một bản đồ được tổ chức thành các lớp thể hiện một thuộc tính giống nhau, như sơng, địa chất, thổ nhưỡng, ơ nhiễm nước vv...thêm vào những khu vực cĩ diện tích nhỏ được phối hợp vào khu vực cĩ diện tích lớn hơn như.
Tổ chức các lớp một cách khoa học sẽ giúp cho việc lưu trữđơn giản, các File dữ liệu sẽ gọn hơn, máy tính sẽ chạy nhanh hơn, tổ chức phân tích và chất vấn dữ liệu đơn giản hơn. Việc tổ chức các lớp thơng tin nĩi riêng, hay nĩi rộng ra là tổ chức một hệ thống cơ sở dữ liệu bản đồ theo từng chuyên đề là hết sức cơng phu, địi hỏi nhiều kiến thức chuyên gia. Nhưng nĩ sẽ đem lại một hiệu quả to lớn cho người sử dụng. Khi nhấn vào một đối tượng quan tâm, ta sẽ cĩ những thơng tin cần thiết (cả hình ảnh, âm thanh, đoạn phim mơ tả) vv...
Chất vấn dữ liệu (SQL) tạo ra các bản đồ dẫn xuất:
Trên cơ sở dữ liệu đã được xây dựng, cụ thể là bản đồ sẽ được thể hiện trên màn hình máy tính, gồm các lớp, các yếu tố, và các bảng thơng tin mơ tả. Người sử dụng cĩ thể tìm hiểu các thơng tin đầy đủ chỉ bằng cách nhấn mũi tên vào đối tượng hay đo khoảng cách, xem diện tích một hồ vv... Đây là những thơng tin đơn giản.
Đơn giản : Tìm tổng Số người làm việc với GIS ở Việt Nam.
Phức tạp hơn: (cĩ điều kiện) tìm tất cả các điểm mỏ vật liệu xây dựng ở Tp. Hồ
Chí Minh, cĩ vĩđộ lớn hơn 10o15'(?). Tìm những đơ thị cĩ diện tích lớn hơn 100km2(?)v v.... Để trả lời những câu hỏi này, máy tính sẽ phải loại bỏ các đối tượng trên cơ sởđiều kiện đã nêu ra và tạo ra những bản đồ dẫn xuất.
Câu hỏi mơ hình: Vẽ khu vực xung quanh con sơng và cách bờ sơng 1km, và tính diện tích khu vực đĩ.
Trên đây là một số câu hỏi và cịn rất nhiều chất vấn khác ta cĩ thể xây dựng các sản phẩm riêng, tùy vào phần mềm, và cách giải quyết vấn đề sẽ đem lại kết quả to lớn nhờ sự trợ giúp của GIS.