Bên cạnh những thành công, hoạt động tiêu thụ của công ty còn nhiều mặt tồn tại như sau:
Mặt trái của cơ chế thị trường là sự cạnh tranh gay gắt giữa các công ty, hiện nay có rất nhiều quầy thuốc bán lẻ, hiệu thuốc tư, đặc biệt là nhiều công ty tư nhân kinh doanh dược phẩm mở ra gây khó khăn cho công ty trong vấn đề mở rộng thị trường, mạng lưới tiêu thụ.
Hiện nay thường xuyên xuất hiện các loại thuốc nhái, thuốc giả gây ảnh hưởng không tốt tới sức khoẻ của con người, làm mất lòng tin cuả người dân đồng thời ảnh hưởng không nhỏ đến tình hình tiêu thụ sản phẩm của công ty.
Tính sùng ngoại xuất hiện trong nhân dân ta từ rất lâu đời và đến nay vẫn tồn tại. Vì vậy người dân có xu hướng thích dùng thuốc ngoại nhập (nhất là những người có thu nhập cao). Mặc dù giá đắt, thậm chí có những thuốc nhập lậu có chất lượng kém hơn thuốc nội. Đây là vấn đề đặt ra cho công ty Hà An nói riêng và các công ty dược Việt Nam nói chung.
Về sử dụng nhân lực của công ty còn nhiều tồn tại, việc bố trí nhân lực không phù hợp nên hiệu quả sử dụng nhân viên chưa cao mà còn gây lãng phí. Trong khi vốn của công ty chủ yếu là vốn vay, hàng năm chi phí trả lãi lớn – đây là một vấn đề khó khăn mà công ty cần khắc phục.
Qua phân tích trên cho thấy tình hình tiêu thụ của công ty khá tốt, song vẫn chưa thực sự hiệu quả bởi lợi nhuận tăng không đều qua các năm. Công ty
chưa xác định được kênh tiêu thụ chủ lực của mình, còn đầu tư kênh theo quán tính.
Mặt khác, công ty chưa đề ra được chính sách chăm sóc khách hàng tốt, việc đầu tư cho xúc tiến bán hàng chưa chú trọng hay nói đúng hơn là chưa có như việc quảng cáo. Vấn đề là công ty chưa có đại lý của mình mà chỉ tiêu thụ thuốc dưới hình thức kí gửi ở các đại lý khác, trong tương lai công ty nên mở các đại lý của mình ở các tỉnh có doanh số tiêu thụ cao.