Quy trình quản lý mới, quy trình tự tính, tự khai và tự nộp thuế vào kho bạc nhà nớc đòi hỏi tính tự giác cao của đối tợng nộp thuế trong việc thực hiện nghĩa vụ thuế theo luật định. Do vậy mà vai trò của công tác thanh tra thuế trở nên hết sức quan trọng, buông lỏng công tác thanh tra sẽ dẫn tới thất thu thuế và không thể ngăn chặn đợc các hành vi trốn thuế.
Trọng tâm của công tác kiểm tra, thanh tra các đối tợng nộp thuế khu vực kinh tế ngoài quốc doanh nói chung và doanh nghiệp ngoài quốc doanh nói riêng gồm: Kiểm tra quyết toán thuế, kiểm tra sau hoàn thuế, miễn giảm thuế, và kiểm tra thực hiện hoá đơn, chứng từ, sổ sách kế toán đối với các doanh nghiệp ngoài quốc doanh. Trong năm 2004 kiểm tra đợc 19 doanh nghiệp ngoài quốc doanh truy thu thuế GTGT, thuế thu nhập doanh nghiệp và phạt là 207,356 triệu đồng. Kiểm tra sau hoàn thuế 25 doanh nghiệp thu hồi số tiền hoàn là 28,5 triệu đồng.
Tuy nhiên nhiều chi cục vẫn cha quan tâm đến công tác thanh tra, kiểm tra nh : Chi Cục thuế Hà Quảng, Trùng Khánh... nên hiệu quả quản lý và kết quả thu còn thấp, tình trạng thất thoát thuế còn sảy ra, chất lợng ghi chép sổ sách cha đạt yêu cầu. Số lợng cán bộ thanh tra của toàn ngành thuế chiếm khoảng
10% tổng số cán bộ, với số lợng nh vậy để có thể kiểm tra đầy đủ thì phải mất thời gian khá dài, vì vậy công tác kiểm tra thanh tra chỉ tiến hành khi có nghi vấn về đối tợng mang tính đột xuất, mỗi lần kiểm tra doanh nghiệp ít nhất phải có 3 cán bộ thuế, việc cử cán bộ đến kiểm tra doanh nghiệp chỉ đợc định theo nguyên tắc tuỳ tính chất từng vụ việc phù hợp với trình độ, kinh nghiệm của từng cán bộ, không cử cán bộ cố định kiểm tra thờng xuyên một doanh nghiệp theo chế độ chuyên quản trớc đây. Do vậy công tác thanh tra mặc dù đã đợc đẩy mạnh nhng do số lợng đối tợng cần kiểm tra quá lớn nên thanh tra thờng xuyên và kiểm tra quyết toán thuế còn nhiều bất cập, sự phối hợp giữa phòng thanh tra và phòng quản lý thu, các chi cục thuế cha thật chặt chẽ, vì vậy mà số lợng doanh nghiệp đợc kiểm tra quyết toán thuế mới chỉ đạt đợc 50% số đối t- ợng phải quyết toán thuế.