- Hoạt động san lấp mặt bằng, thi công xây dựng và vận tải với cường độ lớn trong cụm công nghiệp và thị trấn có thể làm cho môi trường nước mặt bị tác động do đất đá bụi thải tràn xuống dòng chảy, bụi, khí thải chứa chất ô nhiễm hấp thụ vào môi trường nước. Nước mặt dưới tác động của những hoạt động này có thể bị vẩn đục, dòng chảy bị tắc nghẽn, nước không thể phục vụ cho các hoạt động sản xuất nông nghiệp của người dân.
- Tác động tới môi trường nước của quá trình thi công xây dựng chủ yếu là nước thải sinh hoạt của công nhân và cán bộ trên công trường. Ước tính vào thời điểm xây dựng nhiều hạng mục công trình sẽ có khoảng 300 công nhân tham gia thi công xây dựng, mỗi ngày một người sử dụng 100 lít nước và 80% lượng nước sử dụng được thải ra ngoài thì tổng lượng nước thải sinh hoạt sẽ là 24 m3/ngày. Một số chỉ tiêu trong nước thải loại này vượt quá giới hạn cho phép rất nhiều lần là coliform (gấp 106 lần), nhu cầu ô xi sinh hóa BOD (gấp 6,6 lần), nhu cầu ô xi hóa học COD (gấp 8 lần. Ngoài nước thải sinh hoạt còn có một số loại nước thải khác từ công trường xây dựng, gồm: nước rửa nguyên vật liệu, nước vệ sinh thiết bị máy móc, nước dưỡng hộ bê tông, nước chảy tràn…Đặc tính của loại nước thải này là có hàm lượng chất lơ lửng và các chất hữu cơ cao. Các loại nước thải nói trên chưa có nơi xử lý tập trung nên đưa thẳng vào môi trường nước, gây ra ô nhiễm cục bộ.
- Trong giai đoạn cụm công nghiệp đi vào hoạt động ổn định, nước thải từ các công đoạn sản xuất của các nhà máy nếu không được xử lý thì khi xả vào môi trường sẽ gây hậu quả nghiêm trọng đối với các loài sinh vật và con người. Hiện tại toàn bộ nước thải của các nhà máy đang hoạt động trong cụm công nghiệp được xả vào khe Chom, sau đó gặp sông Hồng, cách cụm công nghiệp 10 km. Một số nhà máy trong cụm công nghiệp đã áp dụng những biện pháp xử lý nước thải như: xây dựng bể tuần hoàn nước thải, bể tự hoại… Tuy nhiên những biện pháp này không triệt để hoặc được thực hiện không thường xuyên và tự giác, do đó nồng độ một số chất ô nhiễm trong các mẫu nước thải cao hơn tiêu chuẩn cho phép.
- Các loại bụi, mù, khí thải cũng có thể được hấp thụ vào môi trường nước mặt, khiến cho nồng độ các chất lơ lửng và chất hóa học trong nước tăng.
- Các chất thải rắn, chất thải nguy hại từ các nhà máy trong cụm công nghiệp nếu không được chôn lấp, xử lý đúng cách thì sẽ khiến các chất ô nhiễm trong các chất thải rắn này được hấp thụ vào môi trường đất và nước ngầm làm ô nhiễm môi trường nước của khu vực trong ngắn hạn và trong lâu dài.