Thực hiện quyết định số 154/QĐ- HĐQT-NHCT ngày 20/10/2003 của hội đồng quản trị NHCT Việt Nam về “Mô hình tổ chức của chi nhánh NHCT theo dự án hiện đại hoá ngân hàng”, từ 1/1/2004, mô hình tổ chức của chi nhánh thay đổi về căn bản. Các phòng ban được chia tách, sát nhập, từ 7 phòng nghiệp vụ và 1 phòng giao dịch lên 11 phòng nghiệp vụ và 1 phòng giao dịch. Ngoài ra, còn có 14 quỹ tiết kiệm và 1 điểm giao dịch thuộc phòng khách hàng cá nhân. Chức năng nhiệm vụ các phòng đó cũng được thay đổi, chi nhánh đã từng bước củng cố bộ máy tổ chức từ Ban giám đốc đến các phòng ban, thực hiện thuyên chuyển cán bộ, bố trí sắp xếp cán bộ phù hợp với năng lực và yêu cầu của công việc.
- Căn cứ quyết định 359/QĐ-HĐQT- NHCT 1 ngày 23/11/2005 của Hội đồng quản trị NHCT Việt Nam về việc ban hành qui chế tổ chức và hoạt động của sở giao dịch, chi nhánh NHCT Việt nam
- Căn cứ quyết định số 066/QĐ- NĐQT- NHCT 1 ngày 30/03/2004 của Hội đồng quản trị NHCT Việt Nam về việc ban hành chức năng nhiệm vụ của các phòng, ban tại các chi nhánh tham gia dự án HĐH.
- Căn cứ quyết định số 704/QĐ- NHCT 1 ngày 15/08/2006 của Tổng Giám đốc NHCT VN về việc ban hành chức năng nhiệm vụ của các phòng, ban tại chi nhánh NHCT.
- Căn cứ quyết định số 1500/QĐ- NHCT 1 ngày 06/04/2006 của Tổng giám đốc NHCT Việt Nam về việc sửa đổi bổ sung chức năng nhiệm vụ của các phòng, ban tại chi nhánh NHCT.
Ngân hàng Công Thương Hoàn Kiếm có 12 phòng ban như sau: 01/ Phòng khách hàng 1 (Doanh nghiệp lớn)
03/ Phòng khách hàng cá nhân 04/ Phòng quản lý rủi ro
05/ Tổ quản lý nợ có vấn đề 06/ Phòng kế toán tài chính 07/ Phòng kế toán giao dịch
08/ Phòng thanh toán xuất nhập khẩu 09/ Phòng tiền tệ kho quỹ
10/ Phòng tổ chức hành chính 11/ Phòng thông tin điện toán 12/ Phòng tổng hợp
Về đội ngũ nhân sự, hiện nay NHCT Hoàn Kiếm có 1 giám đốc, 4 phó giám đốc và 270 cán bộ công nhân viên trong tổng số 12.000cán bộ trong toàn hệ thống Ngân hàng Công Thương. Trong đó 80% có trình độ đại học và