Thanh toán vốn chính là một khâu quan trọng để kiểm soát việc thực hiện chi vốn ngân sách. Chất lượng của khâu thanh toán vốn phụ thuộc vào:
- Chất lượng khâu lập dự toán ban đầu
- Tình hình thực hiện thi công và hoàn thành khối lượng công trình theo tiến độ của đơn vị.
- Chất lượng hệ thống thanh toán vốn của cơ quan tài chính và Kho bạc Nhà nước.
Hạn chế lớn nhất của khâu thanh toán vốn hiện nay là việc giải ngân chậm, chi ngân sách bị dồn vào cuối năm.
Để đẩy nhanh tiến độ thi công hoàn thành công trình của các đơn vị, Sở Tài chính cần phối hợp với đơn vị chủ quản và các cơ quan có thẩm quyền đôn đốc các đơn vị tiến hành thực hiện vốn đã được bố trí theo kế hoạch, khắc phục tình trạng kế hoạch, khắc phục tình trạng kế hoạch vốn đã giao mà không được chi hoặc tỷ lệ thực hiện kế hoạch quá thấp, hoặc việc dồn các khoản chi vào cuối năm, ảnh hưởng đến tiến độ công trình và gây khó khăn cho công tác quyết toán của cơ quan tài chính.
Về phần mình, cơ quan quản lý thanh toán (kho bạc) cần kết hợp chặt chẽ với cơ quan quản lý cấp phát (Sở Tài chính), thực hiện nhanh chóng việc
chuyển vốn, thanh toán vốn cho các đơn vị có đầy đủ hồ sơ thanh toán, hướng dẫn cho các đơn vị còn thiếu, tạo điều kiện thuận lợi cho việc giải ngân các công trình. Đồng thời, hai cơ quan này cần tăng cường chế độ thông tin báo cáo lẫn nhau để kiểm soát các khoản chi, giám sát tiến độ và khối lượng thanh toán vốn, từ đó kịp thời đốc thúc và phát hiện các sai sót.
Hiện nay, theo quy định mới của Luật Ngân sách 2002, Nghị định số 10/2002/NĐ - CP ngày 16/01/2002 của Chính phủ về cơ chế tài chính cho các đơn vị sự nghiệp có thu, Nghị định 130/2005/NĐ-CP ngày 17/10/2005 quy định về chế độ tự chủ, tự chịu trách nhiệm về sử dụng biên chế và kịnh phí quản lý hành chính đối với các cơ quan Nhà nước. Chi đầu tư XDCB cơ bản không áp dụng quy định này.
Đối với chi vốn sự nghiệp có tính chất đầu tư XD, quy định tương tự có thể có tác dụng. Tuy nhiên cần lưu ý điểm khác biệt. Hai quy định nêu trên là nhằm khuyến khích các cơ quan hành chính và đơn vị sự nghiệp tiết kiệm chi quản lý hành chính và tăng thu, vì vậy còn có quy định cho phép các cơ quan đơn vị này sử dụng một phần kinh phí dôi ra để tăng lương và đầu tư tăng cường cơ sở vật chất. Đối với vốn sự nghiệp có tính chất đầu tư XD, chỉ được dùng vào mục đích duy nhất là chi cho công trình, dự án đang thực hiện và việc cho phép chuyển hạn mức thừa sang năm sau chỉ là giải pháp tình thế cho các đơn vị do điều kiện khách quan không thực hiện tốt kế hoạch vốn đã giao. Vì vậy để tránh tình trạng bị lạm dụng cần phải kèm theo những quy định chặt chẽ hơn. Ví dụ có giải trình về nguyên nhân không thực hiện đúng kế hoạch, vốn chuyển sang năm sau phải được thực hiện xong trong một thời gian nhất định.