Hiện nay có rất nhiều băn bản sử dụng trong quản lý vốn sự nghiệp có tính chất đầu tư xây dựng. Tuy nhiên vốn sự nghiệp có tính chất đầu tư xây dựng quy định chung trong các văn bản cùng với vốn đầu tư XDCB trong khi hai loại vốn này có những điểm khác nhau về quản lý. Vì vậy, gây ra khó khăn trong việc phân tích xem công tác quản lý có phù hợp với quy định về quản lý vốn sự nghiệp có tính chất đầu tư XD hay không hay là chỉ đúng với quy định về quản lý đầu tư và xây dựng nói chung. Đồng thời việc này cũng gây khó khăn cho việc vận dụng văn bản vào thực tế quản lý.
Các văn bản dùng trong quản lý vốn sự nghiệp có tính chất đầu tư XD hiện hành phần lớn mới được ban hành hoặc mới được sửa đổi nên tương đối đầy đủ, cụ thể và sát với thực tế. Tuy nhiên, cũng do mới ban hành nên nhiều cơ quan, đơn vị chưa nắm được. Vì vậy, cơ quan quản lý một mặt phải hướng dẫn chi tiết cách vận dụng quy định, đồng thời trong quá trình quản lý phỉa nắm bắt thông tin phản hồi từ các cơ quan, đơn vị để tìm ra những điểm chưa phù hợp chưa đầy đủ, từ đó sửa đổi, bổ sung hoặc kiến nghị cơ quan cấp trên sửa đổi, bổ sung cho phù hợp với thực tế yêu cầu quản lý.
Để làm được điều này, điều kiện tiên quyết là các cán bộ quản lý phải nắm vững được các chế độ chính sách hiện hành. Các cơ quan quản lý phải thực hiện tốt việc thông tin lẫn nhau và với các cơ quan, đơn vị là đối tượng bị quản lý. Tuy nhiên, việc sửa đổi, bổ sung hệ thống chế độ chính sách không thuộc thẩm quyền của các cơ quan quản lý cấp thành phố mà phụ thuộc vào bộ phận xây dựng chính sách của cấp Bộ, cấp Chính phủ và Quốc hội. Cơ quan quản lý cấp dưới chỉ có thể làm tốt việc cố vấn và cung cấo thông tin cho bộ phận xây dựng chính sách này.
