Bờn cạnh những kờ́t quả đã đạt được, hoạt đụ̣ng kinh doanh của chi nhánh võ̃n còn tụ̀n tại nhiờ̀u hạn chờ́:
- Trong 3 năm qua kờ́t quả hoạt đụ̣ng kinh doanh của chi nhánh luụn đạt mức tăng trưởng cao so với các ngõn hàng khác nhưng võ̃n còn những chỉ tiờu chưa hoàn thành mức kờ́ hoạch đạt ra. Điờ̀u này la do chi nhánh chưa hoàn thành tụ́t cụng tác nghiờn cứu và dự báo sự biờ́n đụ̣ng của thị trường. Mặt khác, cuụ́i năm 2008 vừa qua các ngõn hàng thương mại đua nhau tăng lãi suṍt gửi tiờ́t kiợ̀m cao hơn lãi suṍt của chi nhánh, điờ̀u này đã làm giảm đi mụ̣t lượng tiờ̀n gửi lớn. Bờn cạnh đó, trong 3 năm vừa qua, tình hình kinh tờ́ trong nước cũng như thờ́ giới có những biờ́n đụ̣ng khó có thờ̉ đoán trước.
- Hoạt đụ̣ng của mụ̣t sụ́ phòng ban trong chi nhánh chưa đạt hiợ̀u quả cao. Các bụ̣ phọ̃n, phòng ban hoạt đụ̣ng còn chưa chuyờn nghiợ̀p. Chức năng của mụ̣t sụ́ phòng ban còn bị chụ̀ng chéo.
- Do ngõn hàng ĐT&PT là mụ̣t ngõn hàng nhà nước, nờn mụ̣t sụ́ hoạt đụ̣ng của chi nhánh còn mang tính “xin-cho”. Đụi khi hoạt đụ̣ng của chi nhánh chịu sự chi phụ́i của ngõn hàng ĐT&PT Viợ̀t Nam. Hàng năm, ngõn hàng ĐT&PT Viợ̀t Nam đờ̀u giao kờ́ hoạch cho từng chỉ tiờu hoạt đụ̣ng của chi nhánh. Điờ̀u này gõy ra tõm lý ỷ lại và làm giảm bớt tính tự quyờ́t trong hoạt đụ̣ng của chi nhánh.
- Các sản phõ̉m dịch vụ của chi nhánh rṍt đa dạng tuy nhiờn chua hṍp dõ̃n được khách hàng. Lãi suṍt của ngõn hàng ĐT&PT VN cuụ́i năm 2008 vừa qua còn thṍp hơn so với các ngõn hàng khách nờn đã giảm lượng khách hàng đờ́n với chi nhánh. Điờ̀u này đã làm chi nhánh mṍt đi mụ̣t lượng vụ́n lớn từ các cá nhõn và các tụ̉ chức kinh tờ́.