Phương pháp loại trừ được sử dụng để xác định mức độ ảnh hưởng của từng nhân tố độc lập tới chỉ tiêu nghiên cứu. Theo phương pháp này, để nghiên cứu ảnh hưởng của một nhân tố nào đó, ta chỉ phải loại trừ ảnh hưởng của các nhân tố còn lại. Phương pháp loại trừ được sử dụng trong phân tích dưới hai dạng là phương pháp thay thế liên hoàn và phương pháp số chênh lệch.
Phương pháp thay thế liên hoàn là phương pháp xác định ảnh hưởng của từng nhân tố đến sự biến động của chỉ tiêu nghiên cứu bằng cách thay thế lần lượt các nhân tố từ giá trị kỳ gốc sang kỳ phân tích để xác định trị số của chỉ tiêu nghiên cứu khi trị số của nhân tố thay đổi. Phương pháp này được sử dụng chủ yếu trong trường hợp các nhân tố có quan hệ với chỉ tiêu dưới dạng tích số. Tuy nhiên, hạn chế của phương pháp này là nghiên cứu sự thay đổi của một nhân tố không liên hệ với các nhân tố khác, trong khi trong thực tế quá trình kinh doanh, sự thay đổi của nhân tố này kéo theo sự thay đổi của nhân tố khác.
Phương pháp số chênh lệch là trường hợp đặc biệt của phương pháp thay thế liên hoàn. Phương pháp này được sử dụng khi các nhân tố có quan hệ với chỉ tiêu dưới dạng tích, được sắp xếp theo thứ tự nhân tố số lượng rồi đến nhân tố chất lượng. Khi phân tích ảnh hưởng của một nhân tố ta sử dụng phần chênh lệch của nhân tố đó nhân với trị số của những nhân tố khác, nhân tố chưa thay đổi trị số giữ nguyên ở kỳ gốc, nhân tố đã thay đổi trị số chuyển sang kỳ phân tích. Cuối cùng tổng hợp ảnh hưởng của các nhân tố để đưa ra đánh giá phù hợp.