Hệ thống TTLNH là hệ thống thanh toán điện tử trực tuyến online hiện đại nhất từ trước tới nay, được xây dựng theo tiêu chuẩn quốc tế, thiết kế theo mô hình tập trung hóa tài khoản. Thông qua việc tập trung số dư tài khoản tiền gửi của các Chi nhánh về Hội sở của NHNN; Thanh toán trực tuyến (online) kết nối các Hội sở chính, các chi nhánh của NHTM với Trung tâm thanh toán Quốc gia, tạo luồng thông tin thông suốt, bảo đảm sự chính
xác, nhanh chóng, an toàn cho mọi khoản thanh toán. Nhờ có hệ thống TTLNH mà dịch vụ ngân hàng điện tử mới có thể phát triển vững mạnh.
Hệ thống TTĐTLNH ở Việt Nam là một tiểu dự án trong dự án "Hiện đại hóa ngân hàng và hệ thống thanh toán" do WB tài trợ. Ngày 16/01/1996, hiệp định tín dụng “Dự án Hiện đại hoá Ngân hàng và Hệ thống Thanh toán” ký kết giữa Chính phủ Việt nam và WB số 2785 VN, bao gồm 7 Tiểu dự án: 01 của NHNN và 06 của các NHTM, trong đó Tiểu dự án thanh toán điện tử liên Ngân hàng do NHNN trực tiếp quản lý và thực hiện là Tiểu dự án xương sống, quan trọng nhất trong toàn Dự án. Việc triển khai Tiểu dự án được bắt đầu vào cuối năm 1999 đến 6/3/2001 hoàn thành thi công kỹ thuật. Từ 3/2001- 02/2002 hệ thống chạy thử nghiệm với số liệu giả định và từ 03/2002 đến 30/04/2002, hệ thống chạy thử nghiệm với số liệu thật. Từ ngày 02/05/2002 Hệ thống TTLNH chính thức được đưa vào vận hành. Tiếp nối TTLNH-1, hệ thống TTLNH-2, được NHNNVN chính thức vận hành từ 18/11/2008, sẽ là một nền tảng công nghệ quan trọng để phát triển các dịch vụ ngân hàng điện tử hiện đại và phát triển thương mại điện tử tại Việt Nam. Đây cũng là công cụ hỗ trợ đắc lực cho việc điều hành và thực thi chính sách tiền tệ của NHNN Việt Nam.
Hiện nay, qua 6 năm vận hành chính thức, hệ thống TTLNH đã hoạt động ổn định và ngày càng phát huy hiệu quả. Hiện nay hệ thống có 472 đơn vị tham gia thanh toán là các ngân hàng (71 ngân hàng), chi nhánh của các tổ chức tín dụng trong cả nước, có thể xử lý 40.000 - 44.000 giao dịch/ngày, doanh số trung bình khoảng 70 nghìn tỷ đồng/ngày. Số lệnh thanh toán qua hệ thống ngày càng gia tăng, năm 2006 trung bình mỗi ngày có khoảng 17.000 đến 20.000 lệnh thanh toán thì đến năm 2008 bình quân mỗi ngày có khoảng 35.000 đến 45.000 lệnh thanh toán với thời gian thực hiện một lệnh
thanh toán chỉ trong vòng 10 giây. Tất cả các món thanh toán đều bảo đảm an toàn; Số liệu đối chiếu cuối ngày đều khớp đúng.
Theo thống kê của các ngân hàng quốc doanh và cổ phần trong nước, từ năm 2002 đến năm 2008, có 18.450.737 lệnh thanh toán và tổng số tiền giao dịch là 17.075.000 tỷ đồng dựa trên nền tảng ứng dụng CNTT trong lĩnh vực ngân hàng. Cả nước hiện đang có hơn 4500 máy ATM, gần 15.000 máy POS và hơn 10.300.000 thẻ ATM đã phát hành. Đây là một yếu tố cần thiết để các ngân hàng liên kết và xây dựng hệ thống thanh toán điện tử theo chuẩn chung.