Bên cạnh những tác dụng đã nêu ở trên, hệ thống chuẩn mực kiểm toán của KTNN còn tồn tại những hạn chế sau:
Thứ nhất, hệ thống chuẩn mực kiểm toán của KTNN mới chỉ điều chỉnh hoạt động kiểm toán báo cáo tài chính. KTNN ch−a có hệ thống chuẩn mực kiểm toán hoạt động, chuẩn mực kiểm toán tuân thủ, chuẩn mực kiểm toán điều tra, chuẩn mực kiểm toán các đề án đã đ−ợc phê duyệt (kiểm toán tr−ớc) trong khi các loại hình kiểm toán này thực tế đang áp dụng đan xen với loại hình kiểm toán báo cáo tài chính trong hoạt động của KTNN.
Thứ hai, do hệ thống chuẩn mực nhiều nội dung ch−a chỉ rõ đ−ờng lối cụ thể nên khi tiến hành kiểm toán KTV còn bị lúng túng nh− chuẩn mực lập kế hoạch kiểm toán, chuẩn mực về khảo sát hệ thống KSNB, chuẩn mực về tính trọng yếu và rủi ro kiểm toán. Các chuẩn mực này từ câu chữ đến nội dung còn nhiều điểm mơ hồ. Thực tế trong hoạt động kiểm toán các năm qua của KTNN các chuẩn mực này đ−ợc nhắc đến có tính hình thức mà không đ−ợc vận dụng cho quá trình thực hiện kiểm toán và kiểm tra, giám sát chất l−ợng hoạt động kiểm toán của KTNN. So sánh với các chuẩn mực của hệ thống chuẩn mực kiểm toán của Việt Nam và Quốc tế nhiều nội dung trình bày và giải thích không phù hợp.
Thứ ba, chuẩn mực số 08 - phân tích tình hình kinh tế và chuẩn mực số 12 - kiểm tra, phân tích tổng quát các báo cáo tài chính đơn vị đ−ợc kiểm toán có nhiều nội dung trùng nhau. Về thực chất nội dung và yêu cầu của hai chuẩn mực này là KTV sử dụng các thủ tục phân tích kinh tế tài chính trong các tr−ờng hợp cần hiểu một cách tổng quát về các lĩnh vực hoạt động của đơn vị đ−ợc kiểm toán hoặc khi các kết quả kiểm toán tồn tại nhiều mâu thuẫn, có nhiều điểm nghi ngờ, để cho một kết luận đúng đắn, hạn chế rủi ro kiểm toán,
KTV thực hiện các thủ tục phân tích dựa vào mối liên hệ lôgíc của các vấn đề để làm sáng tỏ các nội dung nêu trên. Hai chuẩn mực này nên gộp làm một là phù hợp.
Thứ t−, chuẩn mực báo cáo kiểm toán mặc dù đã chỉ rõ nội dung, hình thức của một báo cáo kiểm toán, song ch−a chỉ rõ những dạng sai phạm ở mức độ nào thì chọn dạng nhận xét gì cho phù hợp; trách nhiệm của KTV, của đơn vị đ−ợc kiểm toán về các sai phạm đ−ợc xác lập nh− thế nào; những hậu quả, thiệt hại do các sai phạm hoặc do trách nhiệm của KTV, tổ, Đoàn kiểm toán xử lý nh− thế nào cũng ch−a đ−ợc đề cập. Trong khi theo chuẩn mực kiểm toán quốc tế chỉ cần xác lập những vấn đề nội dung chủ yếu thì chuẩn mực số 14 - báo cáo kiểm toán của KTNN đi sâu vào việc quy định hình thức một báo cáo kiểm toán, báo cáo kiểm toán theo chuẩn mực số 14 ch−a rõ ràng là báo cáo kết quả kiểm toán quá trình hoạt động hay báo cáo tài chính của đơn vị đ−ợc kiểm toán.
Thứ năm, trên thực tế những năm qua các chuẩn mực kiểm toán của KTNN ch−a đ−ợc sử dụng phổ biến trong các tranh chấp đối với quá trình xét duyệt, thông qua báo cáo kiểm toán, đánh giá quá trình kiểm tra, kiểm soát quá trình kiểm toán đối với các KTV, tổ, Đoàn kiểm toán. Nhiều KTV thực hiện kiểm toán chủ yếu dựa vào kinh nghiệm bản thân, không hề biết đến chuẩn mực kiểm toán quy định nh− thế nào, không hiểu các yêu cầu đặt ra của chuẩn mực kiểm toán.