Đối việc ban hành các chính sách, chế độ kế toán thuế thu nhập doanh nghiệp:
Bên cạnh việc Nhà nước ban hành Luật kế toán, Luật thuế, nghị định, thông tư hướng dẫn và chuẩn mực kế toán kịp thời, sửa đổi bổ sung sát với yêu cầu thực tiễn thì chính sách, chế độ kế toán của Nhà nước vừa thiếu lại chưa đồng bộ và còn chồng chéo. Chẳng hạn ngày 15/2/2005 Bộ trưởng Bộ Tài chính đã ban hành Chuẩn mực số 17 ”thuế thu nhập doanh nghiệp”, nhưng cho đến ngày 20/3/2006 Bộ Tài chính mới ban hành Quyết định số 15/2006/QĐ-BTC ban hành chế độ kế toán doanh nghiệp Việt Nam. Trong Điều 3 của Quyết định số 15/2006/QĐ-BTC ghi rõ “Quyết định này có hiệu lực sau 15 ngày kể từ ngày đăng công báo”, tuy nhiên để lập báo cáo tài chính năm thì doanh nghiệp phải tổng hợp số liệu cả năm, như vậy trong năm 2006 doanh nghiệp sẽ phải lập báo cáo tài chính Quý theo hai chế độ kế toán theo Quyết định số 1141TC/QĐ/CĐKT và Quyết định số 15/2006/QĐ-BTC. Điều này gây khó khăn cho doanh nghiệp trong công tác kế toán nói chung và kế toán thuế TNDN nói riêng. Nghị định số 24/2007/NĐ-CP ngày 14/2/2007 quy định chi tiết thi hành luật thuế TNDN đã có hiệu lực thay thế Nghị định 164/2004/NĐ-CP ngày 22/12/2004 nhưng cho đến đầu tháng 11 năm 2007 vẫn chưa có Thông tư hướng dẫn nên Nghị định này chưa thực sự đi vào hoạt động SXKD của DN. Nghị định số 24/2007/NĐ-CP quy định việc kê khai, ấn định thuế TNDN chưa được thực hiện thì Ngày 1/7/2007 Luật Quản lý thuế có hiệu lực thi hành quy định việc kê khai, ấn định thuế TNDN.
Đối việc ban hành chuẩn mực kế toán số 17”Thuế thu nhập doanh nghiệp”: Chuẩn mực kế toán thuế TNDN đã có từ lâu ở các nước phát triển
trên thế giới, tuy nhiên nó mới chỉ được ban hành ở Việt Nam từ tháng 2/2005 và được hướng dẫn thông qua Thông tư số 20/2006/TT-BTC ngày 20/3/2006. Mặc dù vậy, việc thực hiện theo Chuẩn mực và Thông tư này tương đối khó
khăn. VAS 17 chủ yếu được dịch từ Chuẩn mực kế toán quốc tế số 12 (IAS 12), vì vậy do yếu tố chủ quan và yếu tố khách quan đã làm cho ngôn từ trong chuẩn mực chưa “Việt hoá” như chênh lệch tạm thời, chênh lệch vĩnh viễn, tài sản thuế thu nhập doanh nghiệp hoãn lại, chi phí thuế thu nhập doanh nghiệp hoãn lại. Các khái niệm đó thường gây nhầm lẫn cho kế toán viên, vì vậy, để thực hiện chuẩn mực và hướng dẫn chuẩn mực số 17 là rất khó khăn.
Chính sách ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp: Bên cạnh việc tạo điều
kiện cho doanh nghiệp phát triển đã tạo ra mặt trái khi doanh nghiệp tự xác định mức ưu đãi cho mình, một phần do vận dụng luật pháp kém, phần lớn hơn là ham lợi, cứ xác định là ưu đãi để được hưởng, để rồi khi cán bộ thuế kiểm tra mới chịu “bỏ cuộc”. Thực tế, ưu đãi tạo ra sự khuyến khích cho nền kinh tế, nhưng nếu kiểm tra không chặt chẽ thì đây là một sơ hở thất thu NSNN rất lớn, và vấn đề ưu đãi cũng đã được một số tổ chức khảo sát. Về vấn đề ưu đãi thuế TNDN, theo kết quả khảo sát mới đây của Bộ Tài chính về 33 tỉnh “xé rào” thu hút đầu tư bằng việc giảm thiểu mức ưu đãi... thì hình thức “xé rào” phổ biến nhất và chiếm nhiều chi phí nhất là ưu đãi thuế TNDN. Về lĩnh vực này, dự án “sáng kiến cạnh tranh Việt Nam” do các nhà Kinh tế thuộc trường Đại học Quốc gia TP.HCM phối hợp với các nhà Kinh tế nước ngoài tiến hành đã chỉ ra rằng 89% DN được ưu đãi thuế TNDN đã khẳng định họ không thay đổi quyết định đầu tư dù không được hưởng ưu đãi thuế này. Theo kết quả khảo sát, ưu đãi thuế TNDN chỉ xếp thứ 7 trong những yếu tố ảnh hưởng đến quyết định đầu tư.