Qua gần 10 năm hoạt động, với sự quan tâm của các cơ quan Đảng, Quốc hội, Chính phủ, KTNN từ chỗ không có một tổ chức tiền thân đến nay đã hình thành đ−ợc bộ máy t−ơng đối ổn định, đã hoạt động đạt đ−ợc những thành tích nhất định và phát huy đ−ợc hiệu quả, chứng minh đ−ợc vị thế của mình trong hệ thống các cơ quan kiểm tra kiểm soát của Nhà n−ớc. Tuy nhiên trong quá trình hoạt động, bên cạnh những thành tựu đạt đ−ợc còn có những tồn tại, hạn chế và yếu kém, mà KTNN cần nhận thức đầy đủ khách quan để tập trung giải quyết trong thời gian tới, đó là:
Một là, mặc dù đã rất cố gắng song hoạt động KTNN vẫn ch−a thực sự đáp ứng kịp các yêu cầu về quản lý đang ngày càng tăng lên nhanh chóng của nền kinh tế cũng nh− yêu cầu về sự phát triển KTNN.
+ Lĩnh vực kiểm toán ngân sách: mới chỉ kiểm toán đ−ợc hết vòng 2 và bắt đầu kiểm toán vòng 3 báo cáo quyết toán của 61 tỉnh, thành phố trực thuộc Trung −ơng, 26 Bộ, ngành, cơ quan thuộc ngân sách Trung −ơng.
+ Lĩnh vực kiểm toán DNNN: mới kiểm toán 17 Tổng công ty 91 và các Tổng công ty 90 hạng đặc biệt ...
+ Lĩnh vực ĐT - XDCB và ch−ơng trình dự án: KTNN mới chỉ kiểm toán đ−ợc 11 công trình đầu t− XDCB, 02 ch−ơng trình dự án của Nhà n−ớc.
+ Lĩnh vực an ninh, quốc phòng, và ngân sách Đảng: mới chỉ kiểm toán đ−ợc 29 đơn vị Quân đoàn, Quân khu, Quân binh chủng, Tổng cục và 10 báo
cáo quyết toán ngân sách tỉnh uỷ thuộc Đảng và các doanh nghiệp thuộc Bộ Quốc phòng, Bộ Công an.
Hai là, khả năng phân tích tổng hợp về các mặt hoạt động của đơn vị
đ−ợc kiểm toán còn rất nhiều hạn chế do đó ý kiến đánh giá nhận xét và kiến nghị ch−a ngang tầm với hoạt động của cơ quan KTNN, dẫn tới một số mặt chất l−ợng kiểm toán ch−a cao. Các phát hiện ch−a thật sự đi sâu và tập trung vào những vấn đề lớn để làm cơ sở kiến nghị những vấn đề có tính chất vĩ mô giúp Chính phủ, Quốc hội và các cơ quan chức năng của Nhà n−ớc hoàn thiện cơ chế chính sách, quản lý tốt hơn nguồn nhân lực Quốc gia.
Ba là, hiệu lực các kết luận của hoạt động kiểm toán ch−a ngang tầm
với vai trò, chức năng, nhiệm vụ; trong 10 năm hoạt động, KTNN ch−a đ−a ra đ−ợc nhiều vụ việc vi phạm pháp luật để xử lý nghiêm minh các sai phạm trong công tác quản lý; còn né tránh trong qúa trình kiểm toán, vì vậy có những phát hiện nh−ng ch−a kiến nghị xử lý kiên quyết là nguyên nhân dẫn tới vai tò và hiệu lực hoạt động của KTNN ch−a đ−ợc phát huy cao độ trong đấu tranh chống tiêu cực, tham nhũng.
Bốn là, vẫn còn hiện t−ợng ch−a nghiêm trong việc tuân thủ quy trình
chuẩn mực, quy chế kiểm toán và nghề nghiệp của KTV, mặc khác công tác kiểm tra, kiểm soát chất l−ợng kiểm toán và đạo đức nghề nghiệp cũng ch−a thực sự đi vào nề nếp, có bài bản.
Năm là, công tác tuyên truyền về hoạt động KTNN còn nhiều hạn chế,
sự hiểu biết và nhận thức về hoạt động KTNN của các cơ quan, tổ chức và nhân dân còn ch−a sâu rộng.