- Phòng Tổ chức - Hành chính: Gồm 13 người, nhiệm vụ chính là tổ chức lao động về nhân sự toàn Công ty, làm công tác hành chính, tạp vụ, văn thư, tổ chức bảo vệ toàn Công ty…
- Phòng Kế hoạch - Tài vụ: Gồm 10 người, nhiệm vụ chính của phòng là hạch toán tình hình thu, chi tài chính. Lập khế hoạch sản xuất, kế hoạch thu, chi tài chính. Quản lý nguồn vốn của Công ty giúp giám đốc, kiểm soát các hoạt động của công ty, lậpbáo cáo quyết toán theo quý, năm.
- Phòng Kỹ thuật: Gồm 10 người, nhiệm vụ chính là kiểm tra dự toán do các trạm, đội lập gửi lên, luận chứng kinh tế kỹ thuật, thiết kế và giám sát công tác sửa chữa các công trình trong công ty.
- Phòng Quản lý nước và công trình thuỷ lợi: Gồm 10 người, nhiệm vụ chính là quản lý theo dõi toàn tuyến đê, chống vi phạm trên công trình trong khi vực công ty quản lý, giám sát và kiểm tra công tác sửa chữa công trình, theo dõi mực nước hàng ngày ở các trạm quản lý công trình, theo dõi tình hình tưới tiêu nước trong hệ thống.
- Đội sửa chữa: Gồm 13 người, nhiệm vụ chính là sửa chữa nhỏ các công trình trong Công ty.
- Trạm quản lý và khai thác công trình Liên Mạc: Gồm 24 người, là trạm đầu mối của công ty, có nhiệm vụ lấy nước Sông Hồng tưới cho 53.640 ha đất nông nghiệp và phục vụ dân sinh trong khu vực, quản lý đê trong phạm vi trên.
- Trạm quản lý và khai thác công trình Hà Đông: gồm 24 người, có nhiệm vụ quản lý và vận hành cống Hà Đông và cống La Khê, điều tiết nước cho huyện Thanh Oai và huyện Thường Tín, quản lý đê trong phạm vi trên.
- Trạm quản lý và khai thác công trình Đồng quan: Gồm 21 người nhiệm vụ chính là quản lý và vận hành cống Đồng Quan và cống Hoà Mỹ điều tiết nước cho 2 huyện Thường Tín và Phú Xuyên.
- Trạm quản lý và khai thác công trình Vân Đình: Gồm 36 người, có nhiệm vụ quản lý và vận hành tưới tiêu nước cho 13.666 ha đất đai của 3 huyện Thanh Oai, ứng Hoà, Phú Xuyên và tiêu nước cho Sông Nhuệ trong mùa mưa bão.
- Trạm quản lý và khai thác công trình Nhật Tựu: Gồm 25 người, có nhiệm vụ quản lý và vận hành 3 cống (Cống Nhật Tựu, Cống Điệp Sơn, Cống Lương Cổ). Điều tiết nước cho 2 huyện Duy Tiên, Kim Bảng của tỉnh Hà Nam.