Nguyên tắc của phƣơng pháp điện di dựa vào các đặc tính của các acid nucleic. Đó là các đại phân tử tích điện âm đồng đều trên khắp bề mặt nên khi chịu tác động của một điện trƣờng, chúng sẽ di chuyển về cực dƣơng của điện trƣờng. Thông thƣờng ngƣời ta sử dụng gel agarose để phân tích các đoạn có kích thƣớc từ 0,5 – 20 kb. Gel đƣợc đổ trên một giá thể nằm ngang và điện di theo phƣơng ngang. Để đọc kết quả điện di ngƣời ta bổ sung một lƣợng ethidium bromide, chất này cho phép gắn xen vào giữa các base của các acid nucleic, dƣới tác dụng của tia tử ngoại sẽ phát huỳnh quang, qua đó xác định đƣợc vị trí của các đoạn DNA trên gel. Để ƣớc lƣợng kích thƣớc của các đoạn DNA cần phân tích thì ngƣời ta dùng thang DNA (tập hợp nhiều đoạn DNA đã biết kích thƣớc) để so sánh với các vạch của sản phẩm PCR.
Nồng độ gel agarose dùng phân tích sản phẩm PCR vùng 16S rRNA của mtDNA là 1%. Cân 1 g gel agarose hòa với 100 ml dung dịch đệm điện di TBE 1X. Đun agarose trong lò viba khoảng 2 phút sau đó đem ra lắc đều đồng nhất mẫu, đun tiếp tục khoảng 2 phút nữa, đem ra ngoài lắc đều dƣới vòi nƣớc mạnh. Đến khi agarose còn khoảng 500C cho vào 5,3 µl ethidium bromide 1%, lắc nhẹ theo cổ tay cùng chiều và ngƣợc chiều kim đồng hồ đến khi đều thì đổ vào khuôn đã gắn lƣợc, chờ gel đông thì rút lƣợc ra.
Dùng 10 µl mẫu sản phẩm PCR trộn đều với 2 µl dung dịch nạp mẫu loading dye 6X. Dùng pipete hút 10 µl đặt vào giếng gel, điện di 30 phút trong dung dịch đệm TBE 1X với dòng điện 100V. Đặt gel dƣới tia UV và quan sát kết quả.
18