Bên cạnh sự gia tăng về số lượng khách du lịch thì cơ sở vật chất ở Phong Nha - Kẻ Bàng phục vụ du khách cũng được nâng cấp, cải thiện, môi trường đã được quan tâm, giữ gìn, chất lượng phục vụ du lịch được nâng lên một bước và sự tham gia ngày càng tích cực của cộng đồng địa phương vào các hoạt động du lịch. Điều đó đã giúp cho Phong Nha - Kẻ Bàng được sự hài lòng của du khách khi đến đây. Du lịch ở Phong Nha - Kẻ Bàng còn góp phần quan trọng trong giải quyết công ăn việc làm, tăng thêm thu nhập cho người dân, góp phần xoá đói giảm nghèo, đóng góp tích cực cho phát triển kinh tế xã hội. Các tệ nạn xã hội liên quan đến du lịch như mại dâm, ma tuý, tội phạm... không có chiều hướng gia tăng và luôn nằm trong tầm kiểm soát của chính quyền địa phương.
Tuy vậy, với lượng lớn du khách đến vớn Phong Nha - Kẻ Bàng và tăng nhanh trong mỗi năm thì Phong Nha - Kẻ Bàng phải đối mặt với một lượng rác thải rất lớn, môi trường du lịch sinh thái bị ảnh hưởng rất lớn, thời gian lưu trú ngắn (bình quân 1 ngày/khách), hiệu quả kinh doanh du lịch còn thấp.
Trước những tồn tại trên Uỷ ban nhân dân tỉnh đã chỉ đạo Sở du lịch tỉnh Quảng Bình phối hợp với các ngành và các tổ chức liên quan từng bước tháo gỡ vướng mắc như việc đưa ra chính sách hước hoạt động du lịch vào bảo tồn, tôn tạo; chính sách khuyến khích đầu tư; chính sách phát triển nguồn nhân lực; chính sách hỗ trợ người dân sản xuất các sản phẩm thân thiện với môi trường, sản phẩm truyền thống; đặc biệt là chính sách hỗ trợ, ổn định cuộc sống cho những người dân tộc thiểu số sinh sống trong địa bàn khu du lịch, vận động họ tham gia tích cực vào các hoạt động du lịch bằng cách sản xuất sản phẩm truyền thống để bán cho du khách, giúp giải quyết công ăn việc làm, tăng thêm thu nhập cho người dân, tạo cuộc sống ổn định cho người dân và quan trọng hơn là nâng cao trách nhiệm về bảo vệ môi trường, đa dạng sinh học, cảnh quan thiên nhiên của người dân.