Ngƣời ta đã tìm thấy có sự chuyển dịch của đoạn DNA dạng dây đơn, ngắn, trong điều kiện chƣa qua quá trình biến tính DNA thành dây đơn . Ngƣời ta giả định rằng: sự thay đổi chuỗi mã di truyền DNA là do sự thay đổi ngoại hình của dây đơn (single – strand conformation). Sự thay đổi này làm cho DNA chuyển dịch trên gel, tạo ra thể đa hình [1], [4].
Trong phân tích SSCP, phản ứng chuẩn PCR đã hoàn thành. Sản phẩm của PCR này lại bị mở dây đơn lần nữa và ngâm vào trong nƣớc đá. Khi đó hiện tƣợng snap – back sẽ xảy ra trên cấu trúc thứ cấp. Để tránh hiện tƣợng đứt gãy cấu trúc thứ cấp, các mẫu phải đƣợc xử lý trong điều kiện lạnh. Nếu P32
đƣợc dùng trong PCR, thì phim chụp X – quang sẽ thể hiện vị trí của DNA trên gel. Nếu không, ngƣời ta sẽ dùng bạc để nhuộm gel. DNA khi nhuộm bằng bạc sẽ nhạy cảm gấp trăm lần nhuộm Ethidium bromide [11].
SSCP marker là công cụ rất mạnh và nhanh, nhƣng nó chỉ áp dụng cho việc tìm kiếm thể đa hình của những đoạn phân tử DNA tƣơng đối ngắn. SSCP có thể xác định tính chất dị hợp tử của những đoạn phân tử DNA (có cùng trọng lƣợng phân tử), và nó có thể phân biệt đƣợc sự thay đổi của một vài nucleotide nào đó. Ngƣời ta cho nó là công cụ hữu dụng trong xét nghiệm bệnh di truyền ở ngƣời. Trong thực vật, SSCP chƣa đƣợc phát triển nhiều. Ngƣời ta hi vọng, SSCP marker sẽ giúp cho việc phân nhóm di truyền ở con lai trở nên dễ dàng hơn, khi chúng ta có primer thích hợp đối với tính trạng quan trọng nào đó [11].