Bên cạnh những u điểm về quản lý kế toán chi phí sản xuất, công ty cũng không tránh khỏi những khó khăn, tồn tại cần khắc phục.
Công tác hạch toán NVL ở công ty XDCTGT 54 là chính xác. Nhng công ty phải tổ chức thi công nhiều công trình, ở những địa điểm khác nhau nên việc xuất nhập vật t diễn ra hàng ngày theo từng phiếu xuất kho làm cho việc kế toán, quản lý NVL trở nên phức tạp dễ nhầm lẫn…
Công ty đã có u điểm là áp dụng kịp thời TK 623- “ Chi phí sử dụng máy thi công”. Chi phí sử dụng máy thi công bao gồm các yếu tố nh : chi phí nhân công điều khiển máy, chi phí khấu hao máy, chi phí vật liệu sửa chữa máy Tuy… nhiên, kế toán của công ty không tập hợp chi phí nhân công điều khiển máy vào TK623 mà lại tập hợp chi phí nhân công điều khiển máy vào chi phí NCTT, làm giảm chi phí sử dụng MTC từ đó làm thay đổi cơ cấu chi phí sản xuất. Do đó gây khó khăn cho việc hoạt động theo dõi, phân tích chi phí sản xuất phục vụ cho công tác quản lý chi phí sản xuất, đề ra kế hoạch giảm chi phí.
Thông thờng ở Công ty không trích trớc tiền lơng nghỉ phép cho công nhân trực tiếp sản xuất và chi phí sửa chữa lớn TSCĐ mà chỉ khi nào phát sinh khoản chi phí này thì kế toán sẽ hạch toán vào kỳ đó. Nếu khoản chi phí này phát sinh ít thì không gây ảnh hởng lớn nhng nếu phát sinh nhiều thì sẽ gây biến động giữa các kỳ và chi phí tập hợp đợc sẽ thiếu chính xác.
Đối với sổ sách kế toán, thông thờng theo quy trình của chứng từ ghi sổ, chứng từ sổ sách luân chuyển phát theo quy tắc đầy đủ hợp lý và cũng là đặc trng riêng của hình thức này, nhng ở Công ty XDCTGT54 không lập sổ đăng ký chứng từ ghi sổ. Điều này không đúng với quy trình và các nguyên tắc kế toán.
Ngoài ra, việc tập hợp chi phí NCTT là cha hợp lý vì trong chi phí nhân công trực tiếp còn bao gồm cả lơng nhân công điều khiển máy thi công và lơng của nhân viên quản lý công trình.
Một thiếu sót nữa của Công ty là cha tính khoản chi phí về bảo hành công trình.
Bộ máy quản lý của công ty hiện nay cha đợc hiện đại hóa trong thiết bị máy tính một cách toàn diện, việc cài đặt chơng trình vi tính trên máy vi tính cha hoàn hảo, máy tính cha thực sự phát huy hết vai trò của nó.