a) Đối tượng bảo hộ
Sự phát triển của hệ thống luật sáng chế trên thế giới thể hiện rất rõ sự cân nhắc về bảo đảm sự cân bằng lợi ích giữa các bên. Một biểu hiện điển hình là việc xác định những đối tượng được bảo hộ, những đối tượng bị loại trừ khỏi phạm vi bảo hộ sáng chế và điều kiện bảo hộ. Cho đến trước khi có Hiệp định TRIPS của Tổ chức Thương mại Thế giới, nhiều nước không bảo hộ sáng chế trong lĩnh vực dược phẩm hoặc có bảo hộ nhưng có những hạn chế nhất định, đặc biệt là ở những nước đang phát triển và nước chậm phát triển.
Có thể đưa ra những ví dụ điển hình về việc xác định rất hạn chế các đối tượng được bảo hộ sáng chế tại các nước trước khi có Hiệp định TRIPS ra đời. Việc hạn chế những đối tượng này xuất phát từ quan điểm bảo vệ lợi ích của công chúng vì các nước đang phát triển và chậm phát triển thấy rằng các sáng chế này chủ yếu là của công dân của các nước phát triển. Khi bắt đầu vòng đàm phán Uruguay về GATT, có khoảng 50 quốc gia không bảo hộ sáng chế đối với dược phẩm và một số nước lại không bảo hộ sáng chế đối với quy trình sản xuất dược phẩm [21]. Một số nước còn không cấp bằng độc quyền sáng chế cho lương thực và các sản phẩm khác. Một trường hợp cụ thể là Điều 3 Luật sáng chế năm 1970 của Ấn Độ quy định các đối tượng không được bảo hộ là sáng chế, trong đó có: việc sử dụng các chất đã biết theo mục đích mới, mọi quy trình trong lĩnh vực y tế v.v... Điều 5 Luật này quy định không cấp bằng độc quyền cho bản thân các chất dùng để sản xuất dược phẩm, thực phẩm mà chỉ cấp bằng độc quyền cho các quy trình để sản xuất các sản phẩm này [22].
Trước khi có Hiệp định TRIPS, Ác-hen-ti-na cũng không cấp bằng độc quyền sáng chế cho dược phẩm nhưng lại cấp bằng độc quyền sáng chế
cho quy trình sản xuất dược phẩm, trừ các sản phẩm dược được sản xuất thông qua một trình tự đơn lẻ (vì đây được coi là một hình thức gián tiếp của sáng chế sản phẩm).
Tại mục 7(e) Quyết định số 344 năm 1992 quy định chung về sở hữu công nghiệp của khối Andean (gồm các nước Bolivia, Colombia, Ecuador, Peru và Venezuela) có quy định về các sáng chế không được cấp bằng, trong đó có "các sáng chế liên quan đến các sản phẩm dược thuộc Danh mục các loại thuốc thiết yếu của Tổ chức Y tế Thế giới" [22].
Hiệp định TRIPS quy định bằng độc quyền sáng chế phải được cấp cho bất kỳ sáng chế nào, dù là sản phẩm hay là quy trình, thuộc mọi lĩnh vực công nghệ với điều kiện sáng chế đó phải mới, có trình độ sáng tạo và có khả năng áp dụng công nghiệp (Điều 27 Hiệp định). Bên cạnh đó, Hiệp định cũng quy định các thành viên có thể loại trừ không cấp bằng độc quyền cho những sáng chế cần phải bị cấm khai thác nhằm mục đích thương mại trong lãnh thổ của mình để bảo vệ trật tự công cộng hoặc đạo đức xã hội, kể cả để bảo vệ cuộc sống và sức khoẻ của con người và động vật hoặc thực vật hoặc để tránh gây nguy hại nghiêm trọng cho môi trường, với điều kiện những ngoại lệ đó được quy định không chỉ vì lý do duy nhất là việc khai thác các sáng chế tương ứng bị pháp luật của nước đó ngăn cấm.
Điều luật này yêu cầu phải cấp bằng độc quyền sáng chế cho cả sản phẩm và quy trình, và cấm phân biệt về lĩnh vực công nghệ mà sáng chế này được tạo ra. Vì vậy, việc không cấp bằng độc quyền sáng chế đối với sản phẩm nếu đã được quy định trong pháp luật về sáng chế của quốc gia thì sẽ không được phép áp dụng sau khi Hiệp định TRIPS có hiệu lực đầy đủ với quốc gia đó.
Một vấn đề quan trọng trong giải thích Điều 27 Hiệp định TRIPS là liệu nó có buộc các thành viên phải bảo hộ đối tượng "sử dụng mới" đối với sản phẩm đã biết hay không. Hiện nay, các nước có những quy định khác biệt
đáng kể về vấn đề này. Ở Hoa Kỳ, việc cấp bằng độc quyền sáng chế cho đối tượng là việc sử dụng một đối tượng đã biết theo chức năng mới sẽ phụ thuộc vào mục đích sử dụng là mới và không phải là tất yếu. Ở Hoa Kỳ, bằng độc quyền sáng chế đối với việc sử dụng chỉ được cấp cho một "phương pháp sử dụng" cụ thể và không bao hàm việc bảo hộ đối với sản phẩm đó. Ở Châu Âu, việc cấp bằng độc quyền sáng chế đối với sản phẩm đã biết được sử dụng vì mục đích khác cũng được phép theo quy định của Điều 54(5) của Công ước sáng chế Châu Âu. Vì vậy, việc đưa ra một chỉ định đầu tiên đối với một loại dược phẩm đã có có thể dẫn đến việc cho phép cấp bằng độc quyền đối với sản phẩm. Trong trường hợp yêu cầu cấp bằng độc quyền sáng chế đối với chỉ định thứ hai của một sản phẩm dược có thể phát sinh khó khăn trong việc cấp bằng độc quyền sáng chế. Yêu cầu cấp bằng độc quyền sáng chế đối với việc sử dụng một sản phẩm đã biết thường là những hướng dẫn cho người trị liệu về cách thức sử dụng những chất cụ thể để chữa một bệnh cụ thể. Cách sử dụng mới này tương ứng với phương pháp chữa bệnh, vốn được coi là không thuộc đối tượng được cấp bằng độc quyền sáng chế theo quy định của pháp luật Châu Âu [23].
Tuy nhiên, để vượt qua những khó khăn này, từ năm 1984 Cơ quan sáng chế châu Âu đã thừa nhận, theo giả tưởng pháp lý, yêu cầu về chỉ định y tế thứ hai đối với một sản phẩm dược đã được biết đến khi xem xét trong khuôn khổ cái gọi là "công thức Thụy Sĩ" (theo đó "sử dụng X để sản xuất ra thuốc nhằm chữa bệnh Y). Sự khác biệt giữa giả định này và quy định tại Điều 54 của Công ước sáng chế châu Âu như đã nêu ở trên là: Điều 54(5) cho phép cấp bằng độc quyền sáng chế đối với một sản phẩm (đã biết) cho mục đích sử dụng mới. Trong khi đó "công thức Thụy Sĩ" lại xem xét cấp bằng độc quyền sáng chế đối với việc sử dụng sản phẩm, vì vậy đây là một phương pháp, chứ không phải là một sản phẩm. Tuy nhiên, "công thức Thụy Sĩ" vấp phải những trở ngại về mặt lô-gíc rằng nó không có tính mới, vì ở đây là việc sử dụng sự pha trộn để đưa ra một loại thuốc chữa bệnh, và thông thường thì bản thân thuốc chữa bệnh cũng được sử dụng giống như chỉ dẫn dược phẩm lần đầu.
Theo quy định của Hiệp định TRIPS, các thành viên Tổ chức Thương mại Thế giới có quyền tự do quyết định việc cấp bằng độc quyền sáng chế đối với việc sử dụng các sản phẩm đã biết, bao gồm cả việc sử dụng nhằm mục đích chữa bệnh, và tất nhiên là được tự do quyết định có áp dụng cách tiếp cận theo "công thức Thụy Sĩ" hay không. Hiệp định chỉ buộc các thành viên Tổ chức Thương mại Thế giới phải cấp bằng độc quyền sáng chế cho các sản phẩm và các quy trình. Nhiều luật sáng chế mà các nước đang phát triển gần đây quy định không cấp bằng độc quyền sáng chế đối với việc sử dụng (Ấn Độ, Thái Lan, Braxin v.v...).
Việc có bảo hộ sáng chế dạng sử dụng hay không thuộc được quyết định dựa trên quan điểm ưu tiên lợi ích xã hội hay ưu tiên lợi ích của các nhà sáng chế. Việc bảo hộ sáng chế dạng sử dụng có thể làm kéo dài bất hợp lý thời hạn bảo hộ sáng chế cho một sản phẩm cụ thể. Điều này là không công bằng cho xã hội nói chung khi mọi người phải tôn trọng quyền đối với một đối tượng thực ra không được coi là mới (mặc dù có chức năng mới) và nó cũng đồng nghĩa với việc xã hội sẽ bị hạn chế quyền tiếp cận với các loại thuốc do thời hạn bảo hộ bị kéo dài. Do vậy, hầu hết các nước đang phát triển quy định không bảo hộ sáng chế dạng sử dụng.
Luật sáng chế của các nước loại trừ hàng loạt các đối tượng không được bảo hộ dưới dạng sáng chế, trong đó có phát minh, các phương pháp phòng bệnh, chẩn đoán bệnh và chữa bệnh cho người và động vật.
b) Điều kiện bảo hộ
Về điều kiện (tiêu chuẩn) bảo hộ sáng chế, cũng có những quy định khác nhau trong pháp luật các nước. Ví dụ, cho đến năm 2008, Luật sáng chế của Trung Quốc vẫn quy định giải pháp hữu ích sẽ đáp ứng tính mới và được cấp bằng nếu chưa được sử dụng dưới dạng khai thác ở thị trường Trung Quốc mặc dù đã được bộc lộ ở những nơi khác trên thế giới. Trong khi đó, hầu hết luật của các nước đều quy định sáng chế phải có tính mới so
với trình độ kỹ thuật trên thế giới (nghĩa là sáng chế đã được công bố hoặc đã được sử dụng ở bất kỳ nơi nào trên thế giới sẽ bị coi là không có tính mới). Việc quy định phạm vi của tính mới (thế giới hay trong nước) đối với sáng chế được bảo hộ có thể ảnh hưởng tích cực hoặc tiêu cực dựa trên những quan điểm khác nhau. Trong mối quan hệ quốc tế, có thể giải thích rằng việc hạ thấp tiêu chuẩn bảo hộ về tính mới (đã có ở nước ngoài nhưng chưa có ở trong nước) có thể có lợi cho người dân trong nước nếu họ lấy những thứ của người nước ngoài đăng ký thành của mình nếu người nước ngoài chưa đăng ký ở nước mình mặc dù đã đăng ký ở nước ngoài. Tuy vậy, nếu xét theo nghĩa rộng thì có nguy cơ xảy ra là nhiều sáng chế đáng ra không nên được đăng ký vì đã được công bố từ trước ở nước ngoài nhưng lại có thể được cấp bằng độc quyền sáng chế ở trong nước. Trong trường hợp này, lợi ích của công chúng nói chung lại bị ảnh hưởng vì đáng ra sáng chế đó đã thuộc về công chúng (nếu quy định sáng chế phải có tính mới thế giới mới được cấp bằng độc quyền).
Ngoài ra, cho đến nay luật pháp của các nước đều quy định để được cấp bằng độc quyền, sáng chế phải có trình độ sáng tạo (hoặc còn được gọi là "tính không hiển nhiên"). Độc quyền sáng chế chỉ được (và chỉ nên) cấp cho những thành quả sáng tạo thực sự, tức là những gì "hiển nhiên" đối với mọi người thì không thể thuộc độc quyền của bất kỳ ai.