DNA, vật liệu mang thông tin di truyền đƣợc cấu tạo bởi nucleotide, là yếu tố mở đầu cho mọi nghiên cứu và ứng dụng sinh học phân tử, trong đó bao gồm các nghiên cứu tính đa dạng di truyền trong quần thể. Để có thể tiến hành các thí nghiệm phân tích sâu hơn thì việc thu nhận một lƣợng DNA lớn và sạch là điều kiện
tiên quyết. Đối với tách chiết DNA thì mối quan tâm hàng đầu là thu nhận đƣợc các phân tử này ở trạng thái nguyên vẹn tối đa, ít bị phân hủy do các tác nhân cơ học (phân tử bị gãy do nghiền, lắc mạnh) hay hoá học (phân tử bị thủy giải do các enzym (enzym nội bào giải phóng ra môi trƣờng khi tế bào bị phá vỡ hay sự tạp nhiễm trong khi thao tác). Quá trình tách chiết DNA cần thực hiện ở nhiệt độ thấp để ức chế enzym nội bào.
Một qui trình ly trích DNA ở tế bào thực vật gồm 3 bƣớc cơ bản:
Bƣớc 1: Phá vỡ màng tế bào.
Thông thƣờng ngƣời ta nghiền tế bào hoặc mô trong một hỗn hợp dung dịch đệm chiết gồm Tris – HCl 1M (pH 7,5), NaCl 5M, EDTA 0,5M, sodium dodecyl sulfat 10% (SDS). Hỗn hợp này sẽ phá vỡ vách tế bào và màng nhân, giải phóng DNA ra môi trƣờng đồng thời phân hủy các protein liên kết với DNA. Ngoài ra trong thành phần dịch trích còn có mercaptoethanol có tác dụng bảo vệ DNA trong quá trình ly trích.
Bƣớc 2: Loại bỏ các thành phần không mong muốn trong mẫu chủ yếu là các
protein.
Có thể sử dụng CTAB/NaCl (CTAB: Cetyltrimethylammonium bromide) tạo phức hợp với polysaccharide và protein rồi kết tủa chúng. Loại bỏ protein và phức hợp CTAB – polysaccharide – protein bằng hỗn hợp phenol / chloroform / isoamyl alcohol (25 : 24 : 1). Phenol và chloroform sẽ làm biến tính protein. Ngoài ra chloroform còn làm cho pha nƣớc và pha hữu cơ dễ tách rời nhau. Isoamyl alcohol hạn chế sự nổi bọt trong suốt quá trình ly trích. Mặc dù phenol làm biến tính protein nhƣng nó có thể làm ức chế hình dạng của RNase và làm dung môi cho phân tử RNase có chứa những chuỗi dài polyA. Do đó, có thể khắc phục nhƣợc điểm này bằng cách sử dụng thêm chloroform sẽ giúp loại bỏ tất cả các dấu vết còn sót lại của phenol trong nucleic acid. Protein bị biến tính sẽ không hòa tan trong pha nƣớc có chứa nucleic acid và sau khi ly tâm sẽ tủa thành một lớp nằm giữa pha nƣớc và pha hữu cơ. Pha nƣớc có chứa nucleic acid đƣợc thu nhận lại.
Bƣớc 3: Tủa nucleic acid trong isopropanol.
Các DNA có trọng lƣợng phân tử thấp không bị tủa nên có thể loại bỏ chúng bằng tủa trong isopropanol. Nucleic acid sẽ đƣợc thu nhận lại bằng ly tâm. Sau đó, cặn tủa phải đƣợc rửa trong ethanol 70% để loại bỏ các muối hoặc các dấu vết của isopropanol còn dính lại.