Nguồn thu chủ yếu của một CTCK là phí giao dịch của các nhà đầu tư. Tuy nhiên để nhiều khách hàng đến với công ty thì không thể tăng phí giao dịch để tăng doanh thu một cách tuỳ ý. Với các đối tượng khách hàng khác nhau thì công ty nên có cơ chế phí linh hoạt để tạo ra niềm tin và sự phấn khích để nhà đầu tư đến với công ty và không mất niềm tin với thị trường. Như với các nhà đầu tư lớn, công ty nên có một mức phí ưu đãi áp dụng riêng; và áp dụng các mức phí khác nhau với các mức giá trị giao dịch khác nhau… Bên cạnh đó, để hút khách trên thị trường thì nhiều CTCK liên tục tham gia vào cuộc đua hạ phí. Theo quy định, phí giao dịch thu từ các nhà đầu tư là 0.5% trên giá trị giao dịch. Nhưng hiện nay đã có một số công ty hạ đến mức phí thấp nhất, thậm chí nhiều công ty còn không thu phí trong 3 tháng đầu hoạt động. Đặc biệt nhiều CTCK mới thành lập đã sử dụng chiêu khuyến mại bằng cách tặng tiền cho khách hàng mở tài khoản giao dịch tại công ty và trừ dần vào phí giao dịch. Trên thị trường, thông tin về việc giảm phí, miễn phí giao dịch của các CTCK liên tục công bố trên thị trường. Trong đó, tất cả các CTCK lớn nhỏ lần lượt vào cuộc, dù đây là nguồn thu đáng kể cho công ty từ hoạt động môi giới. Sự tham gia ồ ạt của hầu hết các CTCK vào cuộc đua giảm phí như vậy khiến cho các công ty nhỏ như CTCK Habubank sẽ tạo ra một gánh nặng lớn. Do đó, việc xây dựng một cơ chế phí linh hoạt và không bị ảnh hưởng bởi sự thay đổi của thị trường là một yếu tố không thể thiếu trong giải pháp của CTCK Habubank hiện nay.