Kết thúc kiểm toán là công việc cuối cùng trong quy trình chung kiểm toán BCTC của doanh nghiệp. Đây là khâu cuối cùng nhưng đóng vai trò quan trọng không kém vì đây là giai đoạn KTV phải tổng hợp để hình thành nên ý kiến của mình về BCTC của doanh nghiệp được kiểm toán.
Các cuộc kiểm toán thường được thực hiện sau ngày kết thúc niên độ một thời gian, tức là vào khoảng tháng 3. Do đó trong thời gian này có thể có những sự kiện phát sinh có ảnh hưởng đến BCTC mà KTV cần xem xét. KTV căn cứ vào
mức độ trọng yếu của các nghiệp vụ phát sinh và trao đổi với Ban giám đốc khách hàng về việc điều chỉnh để quyết định có đưa vào báo cáo kiểm toán không.
KTV tập hợp các bằng chứng thu thập được, đánh giá tính hợp lý và đầy đủ của các bằng chứng, đồng thời tổng hợp các sai sót phát hiện được.
Để đánh giá tính hợp lý và đầy đủ của bằng chứng, KTV cần xem xét tất cả các bằng chứng kiểm toán đã thu thập được. Nếu chưa đầy đủ và hợp lý, KTV phải tiến hành các thủ tục bổ sung hoặc đưa ra ý kiến ngoại trừ. Nếu bằng chứng kiểm toán đã được đánh giá là đầy đủ và thích hợp trên các khía cạnh trọng yếu thì KTV sẽ tiến hành đánh giá tính hợp lý của BCTC.
KTV đưa ra các kết luận về BCTC có thể hiện các ước tính kế toán một cách trung thực và hợp lý trên các khía cạnh trọng yếu không. Nếu có xảy ra những sai sót trọng yếu chẳng hạn như không trích lập dự phòng, hoặc chênh lệch khấu hao lớn (thời gian khấu hao quá lớn hoặc quá nhỏ so với quy định, kiểm toán có thể yêu cầu khách hàng điều chỉnh. Nếu khách hàng không chấp nhận điều chỉnh, sự chênh lệch đó sẽ được coi là một sai sót và sẽ được xem xét cùng với các sai sót khác để đánh giá mức độ ảnh hưởng của chúng đến BCTC có trọng yếu hay không. Nếu khách hàng chấp nhận điều chỉnh thì KTV sẽ phát hành báo cáo chấp nhận toàn phần (trong điều kiện là tất cả các phần hành khác đều không chứa đựng các sai phạm trọng yếu), trong báo cáo có lưu ý về những bút toán đã điều chỉnh.
Trường hợp từng khoản chênh lệch của các ước tính kế toán riêng lẻ được coi là chấp nhận được nhưng nếu kết hợp các chênh lệch này sẽ tạo ra ảnh hưởng trọng yếu đến BCTC thì KTV phải đánh giá lại toàn bộ các ước tính kế toán trong một tổng thể thống nhất.
Nếu không có sai sót trọng yếu trong việc lập và trình bày các ước tính kế toán thì kiểm toán căn cứ vào mức độ sai phạm trong các phần hành khác để đánh giá. Có bốn loại ý kiến kiểm toán: ý kiến chấp nhận toàn phần; ý kiến chấp nhận từng phần; ý kiến không chấp nhận; ý kiến từ chối đưa ra ý kiến.