Mặc dù đã có nhiều cố gắng và ưu điểm nhất định song công tác kế toán của đơn vị vẫn còn một số tồn tại:
* Về công tác luân chuyển chứng từ:
- Công tác luân chuyển chứng từ giữa các đơn vị trực thuộc phòng tài chính kế toán công ty còn chậm trễ. Thông thường các chứng từ phát sinh sẽ được kế toán đơn vị tập hợp và chỉ đến cuối tháng mới chuyển về phòng tài chính của công ty để vào sổ nhưng có nhiều chứng từ phát sinh ở trong tháng này, kỳ sau mới được gửi lên. Chính sự chậm trễ này làm cho công tác kế toán gặp khó khăn, làm cho công việc kế toán không hoàn thành đúng thời hạn và đồng bộ vì khối lượng công việc quá lớn vào cuối kỳ.
- Các chứng từ thu – chi cơ bản đã đầy đủ các chỉ tiêu theo mẫu qui định. Tuy nhiên khi tiến hành ghi sổ kế toán, kế toán đơn vị không đánh số liên tục chứng từ đầu kỳ đến cuối kỳ kế toán mà được đánh theo từng tháng.
* Việc áp dụng hình thức trả lương theo sản phẩm được áp dụng phổ biến tại Công ty. Hình thức này khuyến khích người lao động nâng cao năng suất lao động. Tuy nhiên hình thức này đòi hỏi phải có sự quản lý chặt chẽ tránh tình trạng công nhân chỉ quan tâm đến khối lượng hơn là chất lượng công việc, đôi khi khiến chất lượng công việc bị giảm sút.
* Tổ chức hình thức kế toán tập chung cũng có thể sẽ dẫn tới những khó khăn trong việc hạch toán. Tại các công trình, kế toán công trình có nhiệm vụ thu thập các chứng từ rồi gửi về phòng kế toán của công ty theo định kỳ, với những công trình ở xa trụ sở Công ty
việc thông tin kế toán thường bị chậm. Hay tại Công ty khi có sự thay đổi nào lại phải cử người xuống tận công trình để hướng dẫn.
* Công ty áp dụng hình thức Nhập xuất thẳng NVL, CCDC mà chứng từ mua bán của khách hàng đôi khi gồm nhiều nội dung nên khi nhập số liệu đòi hỏi kế toán phải tách chứng từ dẫn tới khó khăn trong cập nhật, buộc kế toán phải lưu trữ chứng từ theo từng tệp mà không thể lưu trữ theo công trình.
* Kế toán chi phí NVLTT:
- Công ty không tổ chức dự trữ NVL trong kho do đó khi công trình có nhu cầu sử dụng mà lúc đó thị trường có những bất động về giá cả, số lượng thì sẽ ảnh hưởng tới tiến độ thi công của công trình.
- Quản lý theo hình thức tổ chức tập trung nhưng do số lượng nhân viên quản lý tại đơn vị ít dẫn đến nhiều khi thiếu chặt chẽ, thất thoát NVL....
* Đối với hạch toán chi phí nhân công trực tiếp + Về việc trích trước tiền lương nghỉ phép:
Công ty hiện nay không trích trước tiền lương nghỉ phép của công nhân. Đây là một điểm bất hợp lý trong vấn đề hạch toán chi phí nhân công của Công ty. Nếu trong một tháng nào đó số lượng công nhân nghỉ phép tăng cao, phần lương nghỉ phép này không được trích trước nên đưa thẳng vào chi phí nhân công tháng đó làm cho giá thành sản phẩm của tháng đó tăng lên, vì thế không phản ánh chi phí thực tế phát sinh.
+ Về phương pháp trả lương :
Công ty giao khoán chi phí nhân công cho các đội. Quan hệ giữa Công ty và các đội là quan hệ giao khoán nên hình thức trả lương là trả lương theo hình thức khoán tập thể. Các đội thi công chủ động trả lương theo hình thức trả lương theo thời gian và trả lương theo sản phẩm. Công ty sẽ quyết toán cho đội theo giá trị giao khoán. Các đội thi công lập hợp đồng giao khoán, các bảng chấm công và quyết định hệ số thanh toán. Thủ tục thanh toán lương cho công nhân, đơn giá trả lương do đội tự xác định. Trong quá trình xây lắp khối lượng thực tế có thể chênh lệch so với khối lượng dự toán, Công ty
căn cứ vào số liệu do đội đưa lên để thanh toán khối lượng. Điều này có thể dẫn đến trường hợp tiền lương mặc dù chưa vượt quá giá khoán của công trình nhưng có thể vượt quá so với khối lượng công việc hoàn thành.
* Đối với công tác hạch toán chi phí sử dụng máy thi công
Hiện nay, Công ty quản lý toàn bộ máy thi công. Khi các công trình phát sinh nhu cầu sử dụng, chủ công trình báo cáo về công ty. Căn cứ vào khả năng cung cấp của Công ty mà giám đốc quyết định điều động máy xuống cho từng công trình và phân bổ khấu hao máy thi công cho từng công trình theo thời gian sử dụng máy. Chi phí sử dụng máy thi công được hạch toán như trong trường hợp đội thi công có máy thi công riêng.
Việc phân bổ chi phí khấu hao máy thi công dựa trên mức khấu hao cơ bản của từng tháng, máy thi công. sử dụng tháng nào thì trích khấu hao tháng đó, thời gian trong năm còn lại mà không sử dụng thì được tính và phân bổ cho các công trình theo nguyên vật liệu trực tiếp????????, như vậy là chưa hợp lý. Không phải lúc nào máy thi công cũng hoạt động trong tháng, có những tháng đội chỉ sử dụng một số ngày nhưng vẫn phải trích khấu hao cho cả tháng.
* Đối với hạch toán chi phí sản xuất chung:
Tiêu thức phân bổ mà công ty lựa chọn là chi phí NVLTT. Sự lựa chọn này xuất phát từ đặc điểm chi phí NVL chiếm tỷ trọng lớn nhất trong tổng chi phí, định mức đặt ra luôn rõ ràng và chi tiết. Phương pháp này đơn giản nhưng không phải là phương án tối ưu và có thể làm sai lệch chi phí.