Chất thải rắn nói chung (sinh hoạt và công nghiệp) nếu lưu trữ và vận chuyển xử lý không đúng qui định chúng sẽ phân hủy hoặc không phân hủy làm gia tăng nồng độ các chất dinh dưỡng, tạo ra các hợp chất vô cơ, hữu cơ độc hại... làm ô nhiễm nguồn nước, gây hại cho hệ vi sinh vật đất, các sinh vật thủy sinh trong nước hay tạo điều kiện cho vi khuẩn có hại, ruồi muỗi phát triển và là nguyên nhân gây các dịch bệnh gây ảnh hưởng đến sức khỏe con người.
Chất thải rắn của các cơ sở CBTS, do có hàm lượng dinh dưỡng cao nên đều có thể được thu gom tái sử dụng để chế biến các phụ phẩm khác như thức ăn gia súc, phân bón, chiết tách hoá chất…Cơ sở chế biến có thể thu gom bán lại cho các đơn vị, cá nhân khác hoặc đầu tư cho các dây chuyền chế biến phụ phẩm.
3.2.2. Ô nhiễm không không khí trong các cơ sở chế biến thủy sản và tác hại
Các loại hơi khí độc, mùi hôi tanh là những đặc trưng chủ yếu gây ô nhiễm môi trường không khí vùng làm việc và khu vực xung quanh các cơ sở CBTS với phạm vi và mức độ ảnh hưởng rất khác nhau phụ thuộc vào loại hình, trình độ công nghệ cũng như các điều kiện vệ sinh công nghiệp. Bên cạnh đó, nhóm các yếu tố vi khí hậu (nhiệt độ, độ ẩm, tốc độ gió) và vật lý có hại (tiếng ồn, độ rung) tuỳ theo mức độ, tình trạng thiết bị sẽ có những biểu hiện gây ô nhiễm với tác động diễn ra chủ yếu trong môi trường lao động.
Các chất thải rắn phát sinh trong quá trình chế biến thủy sản, khi có mặt trong nước dưới tác dụng của các vi khuẩn có trong môi trường và các enzim nội tại trong phế liệu, các hợp chất phức tạp như protein, lipid, hydratcarbon sẽ bị phân hủy trong điều kiện hiếu khí, kị khí, thiếu khí tạo các chất khí có mùi hôi thối như axit béo không no, Mercaptan, CH4, H2S, Indol, Skatol, NH3, methylamin.
Quá trình phân hủy các chất thải hữu cơ bao gồm các quá trình lên men chua, lên men thối, lên men mốc vàng, mốc xanh, có mùi ôi, thiu, hôi thối. Quá trình này có thể do các vi sinh vật tiết ra các enzim hỗn hợp hoặc đơn lẽ thực hiện.
Quá trình phân hủy kị khí, hiếu khí và tùy tiện có thể xảy ra độc lập hoặc kết hợp xen kẻ nhau, để tạo ra các chất độc hại ở dạng hòa tan trong nước hoặc ở dạng khí phát tán trong không khí, gây ô nhiễm khí như vi khuẩn, nấm men, nấm mốc,
các khí có mùi nặng như CH4, H2S, Indol, Skatol, các mercaptan, các hợp chất cacboxyl, các axit cacboxilic.
Sự tạo ra các chất khí ô nhiễm còn có thể diễn ra khi tiến hành công nghệ chế biến các sản phẩm hun khói, các sản phẩm thủy sản sấy khô, phơi khô, sản phẩm tẩm gia vị và sản xuất nước mắm cao đạm, cô đặc bằng phương pháp sấy, làm khô và cô đặc trực tiếp. Sau quá trình chế biến các sản phẩm này thì các chất khí ô nhiễm được tạo thành và phát tán trong không khí như các khí CO2, hơi nước, CO, NH3… và rất nhiều các chất hữu cơ dễ bay hơi được tạo thành (VOC) như các axit cacboxilic, các loại alcol, các andehyt, xeton, các hydrocacbon no, không no, thơm, các phenol, furan, các este.
Dầu, mỡ sau khi rán các sản phẩm tẩm gia vị cũng tạo ra ô nhiễm khí do sự oxy hóa các axit béo no, chưa no thành các Hidroperoxit trung gian và cuối cùng tạo ra các hợp chất hữu cơ dễ bay hơi như rượu, xeton, aldehit và axit, các cetoaxit, tạo nên mùi ôi, thối, đắng, khét, rất độc hại cho sức khỏe con người và môi trường.
3.2.3. Ô nhiễm bởi nước thải trong các cơ sở chế biến thủy sản
Nước thải là một trong những vấn đề môi trường lớn nhất trong công nghiệp CBTS bao gồm:
- Nước thải trong quá trình sản xuất. - Nước thải vệ sinh nhà xưởng -Nước thải sinh hoạt.
Trong đó cần đặc biệt quan tâm đến khối lượng và mức độ ô nhiễm nước thải trong quá trình sản xuất. Thực tế sản xuất cho thấy đặc trưng nước thải, khối lượng nước thải phụ thuộc vào công nghệ, thiết bị cũng như các giải pháp quản lý sản xuất, định mức sử dụng nước.