Hiện nay khó khăn của các cơ quan quản lý thuế là chưa có dữ liệu về tỷ suất lợi nhuận bình quân của các ngành nghề nghề để áp dụng khi tiến hành kiểm tra hay thanh tra thuế. Đây chính là vấn đề khó khăn mà cơ quan thuế hay gặp khi xem xét tỷ suất sinh lợi tại một công ty vì không có một cơ sở pháp lý rõng ràng để làm căn cứ khi tiến hành thanh tra thuế. Trong thực tế có nhiều doanh nghiệp kinh doanh trong những ngành nghề có tỷ suất lợi nhuận rất cao nhừng doanh nghiệp này lãi thường xuyên thua lỗ kéo dài hoặc tỷ suất sinh lợi rất thấp, thấp hơn cả lãi suất ngân hàng nhưng khi cơ quan thuế kiểm tra thì không có cơ sở pháp lý vững chắc là tỷ suất lợi nhuận bình quân ngành để so sánh nên cơ quan thuế thường không dám mạnh dạn thực hiện các hướng dẫn của thông tư 117 mặc dù có dấu hiệu chuyển giá tại doanh nghiệp.
Vì vậy, giải pháp cần thực hiện la xây dựng một bảng tổng hợp tỷ suất lợi nhuận bình quân cho từng ngành vào các năm khác nhau. Tổng Cục Thuế và Tổng Cục Thống Kê cần phải cùng nhau phối hợp xây dựng và công bố rộng rãi trên các phương tiện thông tin để cho các cơ quan quản lý thuế cơ sở và các doanh nghiệp thống nhất áp dụng. Bảng tỷ suất lợi nhuận bình quân ngành là cơ sỏ pháp lý giúp cho cơ quan thanh tra thuế thực hiện thanh tra khi thấy doanh nghiệp có những dấu hiệu bất thường về tỷ suất lợi nhuận như quá cao hay quá thấp so với tỷ lệ bình quân ngành.