Vốn cho vay hộ nghèo, cho vay nước sạch vệ sinh môi trường là để đáp ứng nhu cầu vốn cho hộ vay sao cho đồng vốn được phát huy hiệu quả tối đa, mức cho vay căn cứ vào nhu cầu sử dụng khả năng trả nợ của người vay, nhưng trong thời gian qua do nhu cầu vốn lớn, khả năng không đáp ứng được nên một số nơi đã cho vay dàn trải theo mức bình quân làm hạn chế hiệu quả vốn vay.
Vốn cho vay hầu hết để hộ nghèo tính toán sử dụng, chưa gắn kết được việc cho vay kết hợp với chuyển giao kĩ thuật để sản xuất theo chương trình kinh tế của địa phương. Một số ít nơi chưa thực hiện triệt để dân chủ, công khai trong bình xét
cho vay, cá biệt còn ấn định mức vay cho từng hộ nên dễ tạo ra sự lợi dụng không công bằng trong cho vay.
Cán bộ của các tổ chức chính trị xã hội là đơn vị nhận uỷ thác đa số nắm vững nghiệp vụ nhận uỷ thác cho NHCSXH nhưng cũng còn một số ít cán bộ ở cấp cơ sở chưa thấy hết nhiệm vụ của mình vẫn cho là làm tín chấp cho vay, nên trách nhiệm chưa cao. Các tổ chức chính trị xã hội trú trọng nhiều đến việc củng cố tổ vay vốn, song tổ loại C vẫn còn, tổ trưởng thiếu năng lực, trình độ văn hoá thấp không đủ khả năng quản lý nên hạn chế kết quả hoạt động của tổ.
Theo cơ chế cho vay vốn giải quyết việc làm hiện nay, việc thẩm định, điều hoà xét duyệt cho vay có nhiều nghành, nhiều cấp tham gia nhưng gắn trách nhiệm với quyền hạn, nên vốn cho vay còn mang tính chất dàn trải, thường là cho vay lại các đối tượng cũ, số việc làm mới tạo ra còn hạn chế, trách nhiện trong việc cho vay chưa được quy định rõ ràng, dẫn đến nguồn vốn có lúc còn đọng, việc đôn đốc thu nợ quá hạn làm chưa tích cực còn để nợ đọng kéo dài.
Theo cơ chế hoạt động hiện nay, việc tạo lập vốn nhằm tăng nguồn vốn cho vay của NHCSXH là rất khách hàng, phải trông chờ vào ngân sách Trung ương và ngân sách địa phương. Những tỉnh thu ngân sách thấp rất khó khăn trong việc tăng nguồn vốn cho NHCSXH cho người nghèo và các đối tượng chính sách vay.