Đầu tư từ NSNN cho GD&ĐT nhằm xây dựng khung định hướng sử dụng NSNN đối với nền giáo dục quốc dân. Tập trung đầu tư NSNN theo CTMTQG GD&ĐT là hướng đổi mới công tác kế hoạch hóa hết sức đúng hướng bởi vì việc đầu tư theo chương trình khiến cả xã hội biết rõ những vấn đề cơ bản của Bộ, địa phương đang làm để tiện cho nhân dân kiểm tra, giám sát và cùng thực hiện, tạo được nhiều nguồn lực cho phát triển. Quốc hội có điều kiện thông qua ngân sách, giao nhiệm vụ cho các Bộ, ngành và kiểm tra việc thực hiện hằng năm.
Các vấn đề được lựa chọn trong Các dự án là những vấn đề hết sức cấp bách của xã hội, của ngành và địa phương. Giải quyết những vấn đề đó không chỉ tạo điều kiện để ngành GD&ĐT phát triển mà thực chất là góp phần tạo ra sự phát triển bền vững của xã hội. Được sự ủng hộ của các cấp ủy chính quyền địa phương và nhân dân nên trong một thời gian ngắn chúng ta có thể đạt được mục tiêu phát triển đặt ra hơn là các hoạt động thường xuyên của ngành.
Qua tổng kết tình hình thực hiện các dự án của CTMTQG GD&ĐT giai đoạn I (2001- 2005) và 2 năm đầu của giai đoạn II (2006-2010), ta có thể thấy chi NSNN đầu tư cho Các dự án tăng lên qua các năm, nhưng mức chi ngân sách cho các dự án trên tổng mức chi cho GD&ĐT chiếm một tỷ lệ khá khiêm tốn: năm 2005 chiếm 4,25 %, năm 2006 chiếm 5,37%, năm 2007 chiếm 5,06%. Do vậy, đây cũng là nguyên nhân cơ bản làm cho việc thực hiện các
mục tiêu của chương trình đạt ở mức độ thấp, hiệu quả đầu tư chưa cao, chưa đáp ứng được yêu cầu hiện tại của các dự án. Nếu chương trình được đầu tư nhiều vốn hơn cả về mặt tuyệt đối và tương đối thì chắc chắn chương trình sẽ có cơ hội thực hiện tốt hơn những nhiệm vụ quan trọng được đặt ra, bao gồm cả các nội dung chi có tính chất chi thường xuyên như chi đào tạo bồi dưỡng giáo viên và cán bộ quản lý giáo dục để có đủ trình độ đáp ứng với yêu cầu đối mới nội dung chương trình sách giao khoa, phương pháp giảng dạy và theo kịp với sự tiến bộ của khoa học công nghệ hiện đại; cũng như tiến độ thi công các công trình nằm trong dự án được đảm bảo theo đúng tiến độ kế hoạch, mang lại những hiệu quả cả về mặt kinh tế và xã hội.
Việc bố trí không đủ nhu cầu nội dung công việc theo mục tiêu đề ra sẽ không chỉ không thực hiện được mục tiêu mà còn dẫn tới sự sự lãng phí trong đầu tư, vì đầu tư mang lại hiệu quả thấp