Việc thực hiện CTMTQG GD&ĐT trong những năm qua đã có những kết quả tích cực, sự nghiệp GD&ĐT đã có những chuyển biến đáng kể về CSVC và các điều kiện để đảm bảo nâng cao chất lượng GD&ĐT. Tuy nhiên để thực hiện tốt các mục tiêu, nội dung và tiến độ của các dự án, cần có sự tiếp tục đổi mới về cơ chế phân bổ kinh phí, quản lý tài chính và các chính sách có liên quan, cụ thể là:
- Duy trì việc thông báo tổng mức kinh phí của các Dự án của CTMTQG GD&ĐT cho từng địa phương
- Cần giao dự toán chi tiết cho những dự án trọng tâm của CTMTQG GD&ĐT.
- Cần khẳng định mức kinh phí CTMTGQG GD&ĐT do ngân sách TW cấp là mức tối thiểu, các địa phương có trách nhiệm bố trí đầy đủ và huy động
thêm nguồn tài chính khác để bổ sung đảm bảo tiến độ và chất lượng các dự án, nhất là huy động sự tham gia của cộng đồng
- Xác định rõ vai trò, trách nhiệm trong việc phân bổ, chủ trì triển khai của các cơ quan ngành dọc thực hiện các dự án trên địa bàn
- Các cơ quan đơn vị dược giao trách nhiệm thực hiện dự án phải thực hiện tốt công tác theo dõi quá trình thực hiện, nhất là về hồ sơ quản lý để tổng hợp đầy đủ, chính xác kết quả thực hiện về mặt khối lượng côn việc để phục vụ cho việc đánh giá hiệu quả của từng dự án và của toàn bộ chương trình. Trong thực tế đây là một trong các điểm yếu của các địa phương, vì vậy số liệu báo cáo nhiều khi chưa chính xác, nên không giúp cho công tác quản lý vĩ mô.
- Chấn chỉnh công tác báo cáo phân bổ kinh phí, báo cáo tiến độ và kết quả CTMTQG GD&ĐT theo từng dự án trên địa bàn. Có cơ chế dừng cấp kinh phí CTMT nếu địa phương không chấp hành chế độ báo cáo.
- Tăng cường hơn nữa công tác phối hợp kiểm tra các địa phương của các cơ quan chức năng (Bộ GD&ĐT Bộ KH&ĐT, Bộ Tài chính, Văn phòng Chính phủ).