Sau khi nghiên cứu tình hình thực tế ở Công ty vận tải sông biển Thái Bình - một thành viên mới tự nguyện gia nhập Tcty tháng 12/1996, vốn trực thuộc Sở GTVT Thái Bình, HĐQT quyết định chọn Công ty này làm thí điểm cổ phần hoá của Tcty. Các cấp lãnh đạo đã họp cũng toàn thể cán bộ thuyền viên, công nhân tuyến truyền công tác cổ phanà hoá, giải đáp những thắc mắc liên quan đến quyền lợi, nghĩa vụ của người lao động, về việc đánh giá tài sản, chế độ đãi ngộ đối với người mua cổ phần... Tuy nhiên, điều khó khăn nhất khi tiến hành các bước cổ phần hoá ở đây là đại đa số cán bộ công nhân đều nghèo, nhu cầu công việc làm ổn định cao hơn nhu cầu mua cổ phiếu. Mặt khác, tỉnh Thái Bình đang trong thời kỳ không ổn định về mặt trật tự xã hội, nguồn tài chính của Công ty hạn hẹp, không đáp ứng yêu cầu mở rộng sản xuất kinh doanh nên nếu rao bán cổ phần ra ngoài xã hội cũng không được
lai nhiều người đã xin chuyển công tác hoặc nghỉ chế độ, con số này lên đến gần 30% cán bộ công nhân Công ty.
Trước những diễn biến phức tạp, Ban đổi mới của Tcty kết hợp chặt chẽ với Ban đổi mới của Bộ GTVT kiên trì cùng đơn vị vận động cán bộ công nhân quyết tâm thực hiện cổ phần hoá nhưng cũng tìm thêm giải pháp kêu gọi các doanh nghiệp thành viên trong Tcty tham gia mua cổ phần của Công ty vận tải sông biển Thái Bình. Kết quả là từ khi có quyết định của Bộ trưởng Bộ GTVT (26/10/1999) chuyển đổi Công ty thành Công ty cổ phần Vận tải thuỷ Thái Bình và xác định vốn điều lệ là 5,24 tỷ đồng thì 197 cán bộ, công nhân, thuyền viên cùng 9 doanh nghiệp trong Tcty mua được 28,4% cổ phần vốn Nhà nước chiếm 72,6%. Tới tháng 7/2000, sau khi hoàn thiện phương án cổ phần, Đại hội cổ đông thành lập Công ty cổ phần (CtyCP) Vận tải thuỷ Thái Bình được tổ chức. Sau 6 năm hoạt động tho Luật Doanh nghiệp, CtyCP Vận tải thuỷ Thái Bình đã đạt được một số thành công. Nếu năm 2000, Công ty chỉ có 6 đoàn tàu đẩy, sà lan (khoảng 5000 TPT) doanh thu vận tải đạt 7,2 tỷ đồng, tổng doanh thu đạt 9,2 tỷ đồng thì năm 2005, tổng doanh thu đạt 14,5 tỷ đồng. Số lượng phương tiện tăng thêm 3 đoàn tàu mới, tổng trọng tải là 82000 T. Vào năm 2006, Công ty huy động vốn đóng thêm một đoàn trọng tải 1000T, phấn đấu đạt doanh thu 16 tỷ đồng, trong đó doanht hu vận tải đạt 11,5 tỷ đồng. Sự đổi mới tổ chức ở CtyCP Vận tải thuỷ Thái Bình mang lại thu nhập cao và ổn định cho người lao động vận tải và sản xuất cơ khí sửa chữa, đóng mới ở Xí nghiệp Cơ khí thuỷ Trà Lý. Bình quân mỗi tháng người lao động thu nhập 1,3 - 1,4 triệu đồng, đã chứng minh cho tính ưu việt của CtyCP, thu hút thêm nhiều người vào làm việc và góp vốn với Cty nên khi tiến hành
cổ phần hoá có gần 200 người thì hiện nay số lượng cán bộ công nhân đã lên đến 230 người.