Trong thời gian qua, nhà nước luôn giữ một tỷ lệ cổ phần cao trong các doanh nghiệp cổ phần hoá (trung bình khoảng 30% trong giai đoạn 1998- 2002). Đặc biệt, từ năm 2002, tỷ lệ cổ phần nhà nước trong các doanh nghiệp cổ phần hoá có chiều hướng tăng lên. Năm 2003, nhà nước nắm giữ 55,4% tổng cổ phần phát hành bởi các doanh nghiệp cổ phần hoá và tỷ lệ này vẫn duy trì ở mức cao trong năm 2004 (50%), nhà nước và nội bộ doanh nghiệp nắm giữ đa số cổ phần, còn lượng cổ phần được bán ra bên ngoài chỉ khoảng 15%.
Việc nhà nước duy trì tỷ lệ cổ phần đa số vô hình trung đã tạo ra một số khó khăn trong việc điều hành doanh nghiệp, đồng thời làm nảy sinh một số vấn đề pháp lý mới. Cụ thể là: cổ phần hoá vẫn chưa tạo ra được sự rạch ròi giữa quyền quản lý nhà nước và quyền sở hữu, vì nhà nước vừa là người ban hành các quy định, vừa là cổ đông lớn. Khi sở hữu đa số cổ phần, những người đại diện vốn nhà nước tại doanh nghiệp có quyền phủ quyết các quyết định quản lý và đầu tư quan trọng, và điều này có thể dẫn đến trường hợp can thiệp một cách duy ý chí vào hoạt động điều hành của doanh nghiệp. Ở tầm vĩ mô, việc nhà nước đóng vai trò kép - vừa là người chủ sở hữu các doanh nghiệp nhà nước và các doanh nghiệp cổ phần hoá, vừa là cơ quan hành pháp tối cao - tạo ra khả năng một số cơ quan của nhà nước bị thao túng.
Một vấn đề cần quan tâm khác là khả năng và nguồn lực của cơ quan quản lý vốn nhà nước rất hạn chế trong khi cơ quan này phải giám sát cùng lúc rất nhiều doanh nghiệp cổ phần hoá. Hệ quả là cho dù trở thành cổ đông lớn (nếu không nói là lớn nhất) trong nhiều doanh nghiệp thì nhà nước cũng không thể sử dụng quyền điều hành và giám sát một cách đúng đắn. Điều này,
ban Giám đốc không bị giám sát và trong nhiều trường hợp có thể tự do làm theo ý mình, vì vậy rất dễ xảy ra tình trạng lạm dụng quyền của tập thể để phục vụ lợi ích cá nhân.
2.3.5. Vai trò của các tổ chức cơ sở Đảng trong một số công ty còn chưađược phát huy