Năm 1999, khi đang thực hiện chủ trương của Đảng và Nhà nước đẩy mạnh đổi mới hoạt động sản xuất kinh doanh theo cơ chế thị trường, thì HĐQT và lãnh đạo Tcty Đường sông miền Bắc lại chọn Công ty sông biển Thái Bình làm đơn vị đầu tiên thí điểm cổ phần hoá của toàn Tcty. Đây là bước chuyển đổi có tác động mạnh đến tư tưởng của toàn thể cán bộ, động viên công nhân viên chức.
Ngày 26/10/1999, Bộ trưởng Bộ GTVT ra Quyết định số 2936 chuyển đổi Công ty Vận tải sông biển Thái Bình thành CtyCP Vận tải thuỷ Thái Bình trong điều kiện:
Tình hình tổ chức Công ty vừa được kiện toàn khi mới sáp nhập là thành viên của Tcty Đường sông miền Bắc, các lĩnh vực hoạt động sản xuất kinh doanh chưa ổn đinh, đời sống ngwoif lao động còn nhiều khó khăn ở một tỉnh thuần nông, nguồn tài chính của Công ty hạn hẹp không đáp ứng yêu cầu mở
Tư tưởng nhiều cán bộ công nhân viên dao động vì đại bộ phận có nhu cầu về việc làm song lại không có tiền mua cổ đông, 70/267 cán bộ công nhân viên chức xin nghỉ các chế độ chuyển công tác (chiếm 30% tổng số cán bộ công nhân viên)
Tình hình chính trị Thái Bình giai đoạn này không ổn định, ảnh hưởng không nhỏ tới tư tưởng người lao động, một số cán bộ đảng viên, kể cả cán bộ chủ chốt tìm cách rời vị trí trong lúc Công ty phải đương đầu với muôn vàn khó khăn trong quá trình xây dựng và thực hiện phương án sản xuất kinh doanh theo mô hình tổ chức mới. Trong bối cảnh như trên, Đảng bộ cùng chính quyền đoàn thể tuyên truyền, vận động cán bộ công nhân viên có tâm huyết ủng hộ phương án cổ phần hoá của ban đổi mới doanh nghiệp Công ty, góp công, góp của cộng đồng trách nhiệm thực hiện bằng được phương án cổ phần hoá.
Sau một thời gian vận động, tạo được sự đồng thuận, quyết tâm của cán bộ công nhân viên cùng sự chia xẻ trách nhiệm của các thành viên trong Tcty Đường sông miền Bắc, 197 cán bộ công nhân viên đã thông hiểu chính sách và phương án cổ phần hoá của Ban đổi mới Công ty nên đã đăng ký mua cổ phần. Bên cạnh đó, Công ty đã tranh thủ sự hỗ trợ của Ban đổi mới Bộ GTVT, Tcty đường sông miền Bắc, sự hỗ trợ tham gia có hiệu quả của 9 đơn vị thành viên thuộc Tcty là nguồn cổ vũ, khích lệ Tcty trong bước đột phá của mình.
Đến tháng 7/2000, Ban đổi mới Công ty đã hoàn thiện phưong án cổ phần hoá phù hợp với điều kiện cụ thể của Công ty, người lao động mua cổ phần đã trở thành cổ đông làm chủ Công ty, làm chủ bản thân mình. Đại hội cổ đông thành lập “CtyCP vận tải thuỷ Thái Bình” được tổ chức thành công là mốc son mở ra trang đầu thời kỳ mới của Công ty. Lần đầu tiên, người lao
động xây dựng điều lệ tổ chức hoạt động của công ty tự quản lý mình, bầu ra HĐQT gồm 3 thành viên và Ban kiểm soat gồm 3 thành viên. Công ty đã xây dựng được phương án sản xuất kinh doanh hàng năm do Đại hội cổ đông thường niên thông qua quyết định.
5 năm chuyển đổi thành CtyCP là 5 năm đổi mới toàn diện về cách nghĩ, cách làm, người lao động từng bước thoát ly tư tưởng bao cấp lo toan cho Công ty, cho mình cụ thể là đã giữ vững mở rộng sản xuất kinh doanh ở cả 2 khu vực sản xuất vận tải và sản xuất công nghiệp, Doanh thu năm sau cao hơn năm trước, bảo đảm đủ việc làm nên đời sống của người lao động được cải thiện, thu nhập bình quân của người lao động từ 628.000 đồng (năm 2000) đến nay là 1.300.00 đồng, tăng bình quân 10,7%, giá trị cổ tức từ 3-5,4%. Đầu tư chiều sâu có trọng điểm và hiệu quả thiết thực, số phương tiện không có hiệu quả được thanh lý cùng với mạnh dạn huy động vốn cổ đông và vay ngân hàng đầu tư hoán cải đóng mới phương tiện. Kết quả trước cổ phần hoá Công ty có 6 đoàn tàu kéo đẩy, sau cổ phần hoá có 9 đoàn tàu kéo đẩy, tăng 35% lực lượng phương tiện. Đặc biệt, Công ty đã có phương án mở rộng sản xuất ở xí nghiệp sửa chữa bằng cách vận dụng mặt bằng hiện có để đầu tư xây dựng cơ sở sản xuất ở Tân Đệ với kinh phí đầu tư nhỏ nhưng giá trị sử dụng lớn có hiệu quả, làm lợi cho Công ty hàng tỷ đồng.
Mấy năm qua, các nghĩa vụ đối với Nhà nước và người lao động được Công ty thực hiện đầy đủ, đời sống về vật chất, tinh thần của cổ đông được cải thiện, bước đầu có lãi, nhiều cán bộ công nhân viên đã sửa chữa hoặc xây dựng nhà mới, các đoàn tàu được trang bị đủ tiên nghi sinh hoạt văn hoá, nhiều thuyền viên có điện thoại di động, nơi ăn ở làm việc văn phòng Công ty,