Bờn cạnh những kết quả đó đạt được, cụng tỏc quản lý nhà nước về tụn giỏo cũn khụng ớt bất cập, hạn chế trong việc thực hiện phỏp luật về tụn giỏo, cỏc cơ quan nhà nước, cỏn bộ cụng chức làm cụng tỏc tụn giỏo cũn một số tồn tại, thiếu sút. Cụ thể là:
Về phớa cỏc tụn giỏo: Hoạt động tụn giỏo của một số tớn đồ, chức sắc
một số nơi vi phạm quy định phỏp luật như: tự ý sử dụng đất đai, xõy dựng, sửa chữa cơ sở thờ tự, tổ chức sinh hoạt tụn giỏo, in ấn kinh sỏch,… khụng cú sự kiểm duyệt và khụng xin chớnh quyền địa phương. Một số tớn đồ, chức sắc lợi dụng chủ trương, chớnh sỏch đổi mới của Đảng về tụn giỏo để đũi hỏi được tự do hoạt động tụn giỏo vượt qua khuụn khổ phỏp luật và điều kiện kinh tế, xó hội, chớnh trị cho phộp.
Mõu thuẫn nội bộ trong từng tụn giỏo và giữa cỏc tụn giỏo với nhau về tranh giành đất đai, địa bàn truyền giỏo,… vẫn xảy ra, tuy nhiờn chưa cú trường hợp nào nghiờm trọng dẫn tới xung đột hay chiến tranh tụn giỏo.
Tại nhiều khu vực trờn cả nước, đặc biệt tại vựng đồng bào cỏc dõn tộc thiểu số, đạo lạ hay tà giỏo vẫn lộn lỳt phỏt triển gõy ra nhiều phức tạp trong đời sống xó hội, dẫn tới một số khú khăn trong việc quản lý của chớnh quyền địa phương.
Những điểm phức tạp trờn khụng chỉ là những bất cập trong vấn đề quản lý nhà nước đối với cỏc hoạt động tụn giỏo mà đồng thời cũn tạo ra những lỗ hổng nhất định tạo điều kiện cho lực lượng thự địch chống phỏ Nhà nước Việt Nam lợi dụng. Mới đõy, thỏng 5/2013, Chủ tịch Ủy ban Đối ngoại
Hạ viện Hoa Kỳ, dõn biểu Ed Royce, đề xuất nghị quyết kờu gọi Bộ Ngoại giao Mỹ đưa Việt Nam trở lại danh sỏch Quốc gia cần Đặc biệt Quan tõm CPC. Từ đú đặt ra yờu cầu đối với cụng tỏc quản lý nhà nước đối với cỏc hoạt động tụn giỏo ở Việt Nam hiện nay: cần quản lý chặt chẽ hơn giỳp cho cỏc tụn giỏo hoạt động đỳng phỏp luật, gúp phần ổn định tỡnh hỡnh chớnh trị - xó hội nhưng vẫn cho nhõn dõn ta và cộng đồng thế giới thấy được lập trường, quan điểm tụn trọng quyền tự do tớn ngưỡng, tụn giỏo, khụng tạo ra những điểm thiếu sút, sơ hở để cỏc đối tượng thự địch, phản động lợi dụng.
Về cụng tỏc quản lý nhà nước đối với cỏc hoạt động tụn giỏo ở Việt Nam hiện nay:
- Một số nơi cấp ủy Đảng, chớnh quyền và một số cỏn bộ làm cụng tỏc tụn giỏo chưa nhận thức đầy đủ chủ trương, chớnh sỏch đổi mới của Đảng và Nhà nước đối với tụn giỏo dẫn đến việc triển khai cỏc chủ trương chớnh sỏch ở cỏc địa phương khụng đồng bộ, thống nhất, việc hướng dẫn, vận động tớn đồ và chức sắc cỏc tụn giỏo chưa làm tốt.
- Trong cụng tỏc quản lý hoạt động tụn giỏo vừa cú biểu hiện cứng nhắc, lại vừa cú biểu hiện buụng lỏng, thiếu chủ động, cứng nhắc, giải quyết cỏc sự vụ vẫn theo lối cũ, chưa linh hoạt, chưa kiờn quyết đấu tranh với những hành vi lệch lạc, sai trỏi của một số người lợi dụng tụn giỏo hoạt động vi phạm phỏp luật, xõm phạm đến lợi ớch của nhõn dõn.
- Về đội ngũ cỏn bộ làm cụng tỏc tụn giỏo: Phần lớn cỏn bộ chưa được đào tạo đỳng chuyờn ngành, ớt được nõng cao năng lực, trỡnh độ, khụng qua đào tạo để quản lý cũng như làm chuyờn mụn. Hiện tại trờn cả nước mới chỉ cú 2 cơ sở đào tạo đại học và sau đại học chuyờn ngành tụn giỏo học tại Hà Nội do đú việc đào tạo chuyờn sõu, bài bản và bồi dưỡng kiến thức chuyờn mụn cho đội ngũ cỏn bộ làm cụng tỏc tụn giỏo gặp rất nhiều khú khăn.
Thờm vào đú, một bộ phận khụng nhỏ cỏn bộ quản lý hoạt động tụn giỏo nhận thức chưa đầy đủ chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của mỡnh, dẫn đến tỡnh trạng giải quyết những vấn đề nảy sinh từ chỗ đơn giản đẩy lờn phức tạp húa, làm giảm lũng tin của tớn đồ cỏc tụn giỏo vào chớnh sỏch của Đảng và Nhà nước. Cỏn bộ ớt đi thực tế cơ sở do đú khụng thu thập được thụng tin phản hồi từ cỏc tớn đồ, cỏc tổ chức tụn giỏo dẫn đến việc đụi khi khụng cú quyết sỏch kịp thời, đỳng đắn về một vấn đề phức tạp nảy sinh, nhất là vấn đề đất đai, nơi thờ tự. Do vậy, kiện toàn bộ mỏy tổ chức cỏn bộ làm cụng tỏc tụn giỏo của Đảng, chớnh quyền, Mặt trận và cỏc đoàn thể là việc làm hết sức cấp thiết.
- Hệ thống phỏp luật về tụn giỏo bộc lộ những yếu kộm, bất cập: thiếu tớnh đồng bộ, tớnh thống nhất; quy định về hoạt động tụn giỏo nằm rải rỏc ở nhiều văn bản phỏp luật; nội dung điều chỉnh về họat động tụn giỏo cũn chung chung; nhiều chủ trương, chớnh sỏch đổi mới của Đảng về tụn giỏo cũn chưa được thể chế húa thành phỏp luật; nhiều vấn đề mới nảy sinh trong hoạt động tụn giỏo chưa được phỏp luật điều chỉnh, bổ sung kịp thời,… Những thiếu sút đú là một trong những nguyờn nhõn dõy ra tỡnh trạng lỳng tỳng, thiếu thống nhất trong xử lý đối với hoạt động tụn giỏo vi phạm phỏp luật, làm hạn chế hiệu quả quản lý nhà nước trong lĩnh vực tụn giỏo - một lĩnh vực nhạy cảm cú ảnh hưởng trực tiếp tới tỡnh hỡnh kinh tế - xó hội và an ninh trật tự.
Trong cỏc văn bản phỏp luật về tự do tớn ngưỡng, tụn giỏo vẫn cũn nhiều vấn đề chưa được xỏc định cụ thể. Khỏi niệm về tớn ngưỡng, tụn giỏo cũng chưa được nờu rừ cho nờn cú những tụn giỏo mới xuất hiện lại bị coi là tà giỏo, cỏc cơ quan chức năng đấu tranh ngăn chăn nhưng sau một thời gian thỡ lại được Nhà nước cụng nhận tư cỏch phỏp nhõn. Do vậy, cụng tỏc đấu tranh lợi dụng tụn giỏo xõm phạm an ninh quốc gia nhiều khi khụng đạt được yờu cầu về chớnh trị, phỏp luật, nghiệp vụ.
Những hạn chế trờn xuất phỏt từ nhiều nguyờn nhõn khỏc nhau, cụ thể là: - Do cụng tỏc tổng kết thực tiễn làm chưa sõu và chưa gắn liền với quỏ trỡnh nghiờn cứu, ban hành cỏc văn bản phỏp luật để kiện tồn, phỏt huy cỏc cụng cụ quản lý xó hội bằng phỏp luật.
- Cụng tỏc thụng tin, tuyờn truyền chớnh sỏch tụn giỏo của Đảng và Nhà nước đặc biệt tại vựng đồng bào cỏc dõn tộc thiểu số theo đạo làm cũn yếu.
- Đội ngũ cỏn bộ làm cụng tỏc tụn giỏo vừa thiếu lại chưa được chuyờn mụn húa.
- Việc thiếu chế tài xử phạt cũng như xử lý khụng dứt khoỏt với những kẻ lợi dụng tụn giỏo gõy mất ổn định chớnh trị cũng như việc đấu tranh trờn mặt trận tư tưởng về tụn giỏo cũn lỳng tỳng.