Chi nhánh cần hoàn thiện một cơ cấu tổ chức điều hành phù hợp, tạo điều kiện cho các bộ phận phát huy được hết vai trò và trách nhiệm của mình. Sự phối hợp chặt chẽ giữa các bộ phận trong chi nhánh sẽ tạo ra một cơ cấu điều hành thống nhất và chặt chẽ.
Ban lãnh đạo cần xem xét, tách rời một số chức năng ra khỏi phòng kinh doanh và thành lập những phòng ban chuyên trách như phòng ban thẩm định, phòng ban quả lí rủi ro, phòng ban quản lí nợ,… Phân chia phòng ban chuyên trách sẽ tạo điều kiện cho các cán bộ rèn luyện nghiệp vụ, phân chia trách nhiệm rõ ràng từ đó nâng cao tinh thần trách nhiệm, tránh tình trạng trách nhiệm và công việc chồng chéo lộn xộn. Chi nhánh cũng nên phân chia cán bộ tín dụng ra thành từng nhóm, mỗi nhóm phụ trách một loại sản phẩm dự án phân theo ngành nghề nhất định. Như vậy sẽ chuyên môn hóa cán bộ tín dụng trong từng lĩnh vực, giúp họ am hiểu hơn về nghiệp vụ và các ngành nghề phụ trách, tăng tính an toàn và hiệu quả trong hoạt động tín dụng.
Trong trường hợp những khoản vay lớn, phức tạp, chi nhánh nên sử dụng các chuyên gia thẩm định ngoài ngân hàng. Đây là việc hợp lí và cần thiết để tăng tính khách quan và độ an toàn của kết quả thẩm định, giúp cán bộ tín dụng đưa ra những quyết định có độ chính xác cao hơn. Việc tập hợp đội ngũ công tác viên ngoài ngân hàng phục vụ cho công tác thẩm định nói riêng và công tác tín dụng nói chung cần có quy chế gắn lợi ích và trách nhiệm, nhằm tận dụng được kiến thức của chuyên gia trong thẩm định và ngăn ngừa việc tiết lộ thông tin bí mật của khách hàng.