Tập trung vốn đầu tư cho các dự án theo thứ tự ưu tiên, đảm bảo bố trí đủ vốn để hoàn thành dứt điểm dự án, đáp ứng yêu cầu bức thiết của dự án. Mức vốn bố trí hàng năm của các dự án căn cứ vào nhu cầu đăng ký vốn thanh toán theo tiến độ thực hiện
của dự án và khả năng huy động trái phiếu Chính phủ. Việc đăng ký nhu cầu về mức vốn trái phiếu Chính phủ hàng năm thực hiện theo thời hạn quy định như lập dự toán ngân sách nhà nước, nhưng được lập riêng cho các dự án đầu tư bằng nguồn vốn trái phiếu Chính phủ. Căn cứ vào tiến độ đầu tư đã được xác định và tình hình thực hiện các dự án, các Bộ và Ủy ban nhân dân các tỉnh đăng ký nhu cầu về mức vốn trái phiếu Chính phủ hàng năm của từng dự án, gửi Bộ Tài chính và Bộ Kế hoạch và Đầu tư để tổng hợp, làm căn cứ huy động và bố trí vốn trái phiếu Chính phủ, trình Thủ tướng Chính phủ quyết định. Kế hoạch vốn đăng ký phải đảm bảo phù hợp tình hình thực hiện, không đăng ký vượt khả năng giải ngân của dự án, dẫn tới thừa vốn huy động, gây lãng phí cho Nhà nước.
Mức vốn đã đăng ký trong năm được thanh toán đến hết ngày 31 tháng 01 năm sau. Bảo đảm bố trí vốn không vượt quá tổng mức đã được thông báo giao chỉ tiêu theo ngành, lĩnh vực, tổng số vốn thanh toán cho dự án không được vượt tổng mức vốn trái phiếu Chính phủ đã bố trí cho dự án cho cả thời kỳ 2003-2010.