Trong những năm qua công ty luôn chú trọng đến việc kiện toàn bộ máy quản lý sao cho hoạt động có hiệu quả nhất từ công ty đến các đơn vị trực thuộc. Từ khi nền kinh tế nước ta chuyển sang hoạt động theo cơ chế thị trường, nhà nước đã có chủ trương sát nhập một số doanh nghiệp nhà nước lại nhằm giảm đầu mối quản lý và tăng hiệu quả hoạt động sản xuất kinh doanh tại các doanh nghiệp. heo quyết định của Bộ Thuỷ sản hai doanh nghiệp là công ty thiết kế tàu thuỷ và cơ khí với công ty xây dựng và lắp đặt công trình lạnh đã hợp nhất thành Công ty Tư vấnđầu tư và thiết kế trực thuộc Bộ Thuỷ sản. Từ đó dẫn đến hàng loạt những biến động về tổ chức của côngy. Tuy nhiên công ty đã có những nỗ lực rất lớn bên cạnh sự chỉ đạo, hướng dẫn của Tổng công ty nhằm từng bước sắp xếp lại tổ chức quản lý, bố trí đúng người đúng việc nhằm tạo ra một bộ máy quản lý năng động, có hiệu quả nhất.
Bên cạnh đó công ty cũng đã tạo điều kiện cho các cán bộ trẻ có thể phát huy tính chủ động, sáng tạo của bản thân để hoàn thành tốt nhiệm vụ được giao và yên tâm gắn bó với công ty. Đồng thời với việc sắp xếp kiện toàn tổ chức các đơn vị một cách hợp lý đáp ứng yêu cầu sản xuất kinh doanh, phát huy tính tích cực của toàn thể cán bộ công nhân viên, công ty còn đề ra các quy chế làm việc đối với từng khâu, từng bộ phận quản lý nhằm hạn chế những sai lệch phát sinh. Giám đốc, các phó giám đốc và cán bộ quản lý trong công ty luôn đảm
bảo vững vàng về chính trị , tư tưởng, trong sáng về đạo đức, có trình độ, năng lực tổ chức quản lý, quán triệt và thực hiện tốt các chủ trương chính sách của Đảng, luật lệ nhà nước và đáp ứng yêu cầu quản lý của công ty.
Với tất cả những nỗ lực trong việc hướng tới kiện toàn bộ máy quản lý thành quả mà công ty đạt được là lợi nhuận qua các năm đều có xu hướng tăng lên, thu nhập của cán bộ công nhân viên trong công ty từng bước ổn định và được nâng cao.