Hoàn thiện tổ chức kế toán trước hết phải thực hiện thống nhất với những quy định hiện hành của Nhà nước, như thống nhất về hệ thống chứng từ, hệ thống tài khoản kế toán, hệ thống sổ kế toán, về mục lục ngân sách, về niên độ kế toán, kỳ kế toán và phần mềm kế toán. Thực hiện yêu cầu này, bảo đảm cho việc tổng hợp các chỉ tiêu theo các mục lục thu, chi của Ngân sách Nhà nước, tạo điều kiện cho các cơ quan thanh tra, kiểm tra, mọi mặt về hoạt động tài chính của các đơn vị HCSN, từ đó có sự hướng dẫn cụ thể đối với đơn vị nhằm thực hiện đúng chế độ.
Ngoài việc tôn trọng các chính sách chế độ tài chính kế toán mà các văn bản pháp luật của Nhà nước đã ban hành, trong quá trình hoàn thiện tổ chức kế toán của các đơn vị HCSN cần phải quan tâm đến các chuẩn mực kế toán quốc tế và tính đến sự phát triển, những thay đổi của các chính sách tài chính kế toán trong tương lai. Với xu hướng chung của thế giới là việc quốc tế hoá và toàn cầu hoá, đặc biệt khi Việt Nam đã gia nhập WTO thì yêu cầu về tính minh bạch, thống nhất đối với các thông tin tài chính và tính hiệu quả trong các hoạt động của các tất cả cơ quan đơn vị được quan tâm nhiều hơn. Như vây đặt ra yêu cầu đối với các chính sách chế độ tài chính kế toán của Việt Nam đó là phải dần phù hợp với các nguyên tắc và chuẩn mực kế toán quốc tế theo từng giai đoạn phát triển của đất nước. Các chuẩn mực kế toán
quốc tế này sẽ giúp kế toán Việt Nam phát triển khoa học hơn, hợp lý hơn góp phần thúc đẩy hợp tác phát triển kinh tế của Việt Nam với các nước trên thế giới.
Hoàn thiện tổ chức kế toán tại các đơn vị HCSN phải căn cứ vào các đặc điểm hoạt động tổ chức quản lý và tình hình thực tế tại các đơn vị HCSN. Cụ thể, hoàn thiện tổ chức kế toán nhất thiết phải căn cứ vào tổ chức quản lý, yêu cầu đặc điểm quản lý quy mô hiện tại và chiến lược phát triển, cơ chế tài chính của các đơn vị HCSN. Nói cách khác, đó là những yếu tố quyết định đến tổ chức kế toán. Chỉ khi có sự phù hợp giữa bộ máy kế toán, công việc kế toán với các đặc điểm của các đơn vị HCSN mới đảm bảo hoạt động kế toán có hiệu quả và đạt được những mục tiêu đặt ra.
Hoàn thiện tổ chức kế toán tại các đơn vị HCSN phải đảm bảo cung cấp thông tin một cách trung thực, khách quan, kịp thời, đầy đủ, đáp ứng yêu cầu minh bạch và công khai. Các thông tin do kế toán cung cấp là các thông tin vô cùng quan trọng. Nó là cơ sở cho việc đánh giá và ra các quyết định có ảnh hưởng rất lớn đến quá trình hoạt động của đơn vị.
Công nghệ thông tin hiện nay đã trở thành một phần rất quan trọng đối với tất cả các lĩnh vực hoạt động xã hội đặc biết đối với lĩnh vực kinh tế tài chính. Hoàn thiện tổ chức kế toán ở các đơn vị HCSN cần dựa trên cơ sở ứng dụng công nghệ thông tin hiện đại, đảm bảo tính khả thi, chất lượng và hiệu quả. Đối với các các đơn vị HCSN hiện nay có quy mô hoạt động ngày càng rộng, nghiệp vụ kinh tế tài chính phát sinh ngày càng phức tạp. Giải pháp tối ưu là phải sử dụng công nghệ thông tin hiện đại mới có thể đáp ứng được các yêu cầu quản lý trong điều kiện mới. Tuy nhiên, việc ứng dụng công nghệ thông tin phải tuân thủ các yêu cầu và nguyên tắc kế toán theo quy định.