Hệ thống báo cáo kế toán ở các đơn vị HCSN huyện Vĩnh Thạnh chỉ được lập vào cuối năm. Nội dung, chất lượng của Thuyết minh báo cáo tài chính còn sơ sài, chưa chỉ ra được những kết quả đạt được trong công tác kế toán của đơn vị cũng như chưa nêu ra được những khó khăn, vướng mắc của đơn vị trong quá trình điều hành, sử dụng kinh phí. Bên cạnh đó, các đơn vị chưa tổng hợp đầy đủ các nguồn thu, chi khác của đơn vị, chưa phản ánh hết tất cả các khoản chênh lệch thu – chi và việc sử dụng chênh lệch thu – chi tại
đơn vị vào Báo cáo tài chính như Báo cáo thu, chi hoạt động sự nghiệp và hoạt động sản xuất kinh doanh.
Mặt khác, tại các đơn vị HCSN chưa quan tâm đúng mức đến việc lập các báo cáo kế toán phục vụ cho việc cung cấp thông tin quản trị nội bộ. Các báo cáo kế toán này ở các đơn vị thường được lập mang tính riêng lẻ, tự phát theo yêu cầu đột xuất của lãnh đạo mà không mang tính bao quát các hoạt động của các đơn vị HCSN, không gắn kết được các hoạt động với nhau để có những thông tin hữu ích phục vụ nhu cầu lãnh đạo.
2.3.2.6. Tổ chức công tác kiểm tra kế toán
Việc phân công công việc kiểm tra kế toán và phê duyệt thu chi tại các đơn vị HCSN chưa đồng nhất. Hầu hết các đơn vị chưa tổ chức phân công rõ ràng mức độ chịu trách nhiệm về kiểm tra cho các kế toán phần hành mà còn tập trung nhiều ở kế toán trưởng. Mặt khác công tác kiểm tra chưa tiến hành thường xuyên, công tác tự kiểm tra còn mang nhiều yếu tố chủ quan. Mặc dù bộ phận kiểm tra của Bộ (thanh tra) có thực hiện kiểm tra nhưng do số lượng đơn vị quá nhiều nên không thể thực hiện thường xuyên liên tục tại một đơn vị.
Công tác kiểm tra chứng từ chưa được tăng cường, các bước tiến hành kiểm tra chưa được xác định rõ ràng, khoa học và chính xác, công tác xử lý các vi phạm sau kiểm tra chưa được chú trọng, chưa quy được trách nhiệm cho người có thẩm quyền để xử lý nghiêm minh, khách quan.