Chi cục bảo vệ môi trường trực thuộc Sở Tài nguyên và Môi trường chịu trách nhiệm tham mưu về công tác quản lý Nhà nước về bảo vệ môi trường. Cơ cấu của Chi cục gồm lãnh đạo chi cục và 02 Phòng chuyên môn (Phòng tổng hợp và Đánh giá tác động môi trường; Phòng kiểm soát ô nhiễm). Tỉnh đã thành lập Quỹ bảo vệ môi trường trực thuộc SởTài nguyên và Môi trường để hỗ trợ nguồn lực cho các hoạt động bảo vệ môi trường.
Trung tâm quan trắc Tài nguyên và Môi trường được thành lập và đi vào hoạt động năm 2016 gồm lãnh đạo và 3 phòng chức năng (Phòng Hành chính tổng hợp, phòng Quan trắc môi trường, phòng Dịch vụ Tài nguyên và Môi trường) với tổng số cán bộlà 12 người.
- Tại cấp huyện:
Trên địa bàn tỉnh có 10 huyện và 01 thành phố, trong đó có 8 huyện, 1 thành phố có làng nghề. Để thực hiện công tác quản lý nhà nước vềmôi trường nói chung và môi trường làng nghềnói riêng, Phòng Tài nguyên và Môi trường tại UBND các huyện, thành phố là nơi thực hiện chức năng quản lý nhà nước vềmôi trường. Các Phòng Tài nguyên và Môi trường đã bốtrí 01 lãnh đạo phụ trách và từ 01 đến 02 công chức quản lý Nhà nước về môi trường. Cơ cấu tổ chức quản lý BVMT ở một số huyện cụ thể là:
+ Thành phố Hà Giang: Phòng Tài nguyên –Môi trường là cơ quan chuyên môn thuộc UBND thành phố Hà Giang có chức năng tham mưu, giúp UBND thành phố thực hiện chức năng quản lý Nhà nước vềtài nguyên đất, tài nguyên nước, tài nguyên khoáng sản, môi trường, khí tượng, thủy văn, đo đạc, bản đồ. Chịu sự chỉđạo và quản lý về tổ chức, biên chế và hoạt động của UBND thành phố, đồng thời chịu sự chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra về chuyên môn, nghiệp vụ của Sở Tài nguyên - Môi trường. Lãnh đạo phòng Tài nguyên và Môi trường gồm có: 01 trưởng phòng, 02 phó trưởng phòng, 01 giám đốc chi nhánh văn
phòng đăng kí đất đai thành phố, 01 phó giám đốc chi nhánh văn phòng đăng kí đất đai thành phố.
+ Huyện Hoàng Su Phì: Cấp huyện có 01 cán bộ chuyên trách thuộc phòng Tài nguyên và Môi trường thực hiện công tác quản lý nhà nước về lĩnh vực BVMT.
+ Huyện Vị Xuyên: Cấp huyện có 04 cán bộ chuyên trách thuộc phòng Tài nguyên và Môi trường thực hiện công tác quản lý nhà nước về lĩnh vực BVMT. Cấp xã gồm 24 cán bộđịa chính kiêm nhiệm thực hiện công tác quản lý BVMT.
+ Huyện Bắc Quang: Phòng Tài nguyên và Môi trường là cơ quan chuyên môn thuộc Ủy ban nhân dân cấp huyện thực hiện chức năng tham mưu, giúp UBND cấp huyện quản lý nhà nước về tài nguyên và môi trường. Phòng Tài nguyên và Môi trường đã bốtrí 01 lãnh đạo phụ trách và 02 công chức chuyên trách quản lý nhà nước vềmôi trường.
+ Huyện Quang Bình: UBND huyện có nhiệm giám sát công tác quản lý chất thải trên địa bàn huyện. Trung tâm dịch vụ công cộng thực hiện việc thu gom, phân loại rác thải tại các điểm tập kết, vận chuyển và xử lý chất thải tại bãi chôn lấp tại tổ 1, thị trấn Yên Bình, huyện Quang Bình.
+ Huyện Đồng Văn: Phòng Tài nguyên và Môi trường huyện là cơ quan chuyên môn thuộc Uỷ ban nhân dân huyện, có chức năng tham mưu, giúp Uỷ ban nhân dân huyện thực hiện chức năng quản lý nhà nước vềcác lĩnh vực: Tài nguyên đất, Tài nguyên nước, Tài nguyên khoáng sản, Môi trường, Khí tượng Thủy văn, Đo đạc bản đồ, trên địa bàn huyện. Phòng Tài nguyên và Môi trường gồm có 11 cán bộ, trong đó có 01 trưởng phòng, 01 phó trưởng phòng.
+ Huyện Vị Xuyên: Phòng Tài nguyên và Môi trường gồm 01 trưởng phòng, 02 phó phòng.
+ Huyện Mèo Vạc: Phòng Tài nguyên và Môi trường gồm có 01 trưởng phòng, 01 phó trưởng phòng, 01 kế toán, 04 công chức.
+ Huyện Quản Bạ: Phòng Tài nguyên và Môi trường gồm có 01 trưởng phòng, 01 phó trưởng phòng.
+ Huyện Xín Mần: Phòng Tài nguyên và Môi trường gồm có 01 trưởng phòng, 02 phó phòng.
Mặc dù được kiện toàn và tăng cường, tuy nhiên hệ thống các cơ quan quản lý Nhà nước về bảo vệ môi trường trên địa bàn tỉnh Hà Giang vẫn còn nhiều bất cập, chưa đáp ứng được so với yêu cầu của sự phát triển.