Cơ cấu nhóm thuốc điều trị gồm: 20 nhóm thuốc hóa dược, 10 nhóm thuốc đông y, thuốc từ dược liệu.
+ Nhóm thuốc điều trị ký sinh trùng, chống nhiễm khuẩn chiếm tỷ lệ cao nhất với 51 KM, giá trị sử dụng 2.147.000.181 đồng, chiếm 42,34% tổng GTSD. Tỷ lệ nhóm thuốc này thấp hơn nhiều so với Bệnh viện đa khoa huyện Bắc Yên, tỉnh Sơn La với 52 KM, chiếm 48,27% GTSD [15].
+ Nhóm thuốc đường tiêu hóa với 25 KM (10,12%), có giá trị sử dụng 390.942.065 đồng, chiếm 7.71%, điều này hoàn toàn tương ứng với
MHBT tại TTYT chủ yếu là bệnh nhân mắc các bệnh về hệ tiêu hóa.Tỷ lệ nhóm thuốc này cao hơn so với Bệnh viện đa khoa huyện Bắc Yên, tỉnh Sơn La với 15 KM, chiếm 5,78% GTSD [15], và Bệnh viện đa khoa huyện Thuận Châu, tỉnh Sơn La với 18 KM, chiếm 6,44% GTSD [11].
+ So sánh với các nghiên cứu khác, tỷ lệ sử dụng kháng sinh tại các bệnh viện thì tỷ lệ sử dụng kháng sinh tại Trung tâm Y tế huyện Mường Nhé là (42,34% GTSD). Kết quả sử dụng kháng sinh tại Trung tâm thấp hơn nhiều so với Bệnh viện đa khoa huyện Bắc Yên – tỉnh Sơn La với 52 KM chiếm 48,27% GTSD và Bệnh viện đa khoa huyện Phú Bình – Thái Nguyên năm 2017 với 37 KM chiếm 51,30% GTSD, cao hơn Trung tâm y tế huyện Hàm Thuận Bắc – Bình Thuận năm 2018 với 100 KM chiếm 29,79% GTSD, kết quả nghiên cứu của Ds. Vũ Thị Thu Hương năm 2009 tại 38 bệnh viện kinh phí sử dụng kháng sinh trung bình từ 32,3 đến 32,5% [12].
Thuốc kháng sinh sử dụng trong điều trị luôn chiếm nhiều kinh phí và được quan tâm đặc biệt. Việc tập trung một tỷ lệ lớn thuốc cũng như kinh phí sử dụng cho nhóm thuốc điều trị ký sinh trùng, chống nhiễm khuẩn là do nhu cầu điều trị một tỷ lệ lớn các bệnh nhiễm trùng, bệnh về hô hấp trong mô hình bệnh tật của Việt Nam nói chung cũng như mô hình của Trung tâm nói riêng. Mặt khác thuốc kháng sinh còn được sử dụng trong nhiều bệnh khác như các trường hợp tai nạn thương tích, phòng nhiễm khuẩn trước và sau phẫu thuật. Tại Trung tâm Y tế huyện Mường Nhé bên cạnh điều trị những bệnh nhiễm khuẩn bệnh viện còn tiếp nhận nhiều ca cấp cứu tuyến dưới chuyển lên, phần nào giải thích cho nhu cầu sử dụng nhiều kháng sinh điều trị tại Trung tâm.
Danh mục thuốc tại đơn vị đa dạng đáp ứng tốt nhu cầu điều trị, cũng như các bác sĩ trong việc lựa chọn thuốc. Nhưng cũng gây ra khó khăn cho Khoa dược khi phải cung ứng nhiều mặt hàng cùng một lúc, kèm theo đó là các vấn đề liên quan đến việc mua sắm, thủ tục hồ sơ, theo dõi, bảo quản và cấp phát.