Tìm kiếm trình tự tương đồng bằng BLAST phát hiện có 3 họ protein tương đồng cao với protein 3a trên SARS-CoV-2. Đó là các trình tự ORF3a được phân lập từ chủng SARS-CoV trên người, dơi (Bat-CoV) và tê tê (Pangolin-CoV) (phụ lục 2). Trong đó, protein 3a của SARS-CoV-2 tương đồng tới 72,7% so với protein 3a trên SARS-CoV. Chiều dài đoạn gen ORF3a của SARS-CoV-2 là 828 bazơ trong khi chiều dài ORF3a trên SARS-CoV là 825 bazơ, tương ứng với chuỗi axít amin của protein 3a trên hai chủng vi rút này có độ dài lần lượt là 274 và 275 [39]. Chúng tôi phát hiện trên bộ gen của SARS-CoV-2 hiện tại, một axít glutamic đã được đưa vào sau axít amin thứ 240 của trình tự protein ORF3a trên SARS-CoV-2. Mức độ tương đồng giữa protein 3a của SARS-CoV-2 và các protein ORF3a thu được từ chủng coronavirus trên dơi và tê tê cũng cho thấy mức độ tương đồng rất cao, lần lượt là 72,0% và 90,2%.
Hình 3.1. So sánh trình tự của kênh ion protein 3a của SARS-CoV-2 với các protein
tương đồng.
Trong các nghiên cứu trước đây, người ta chia protein 3a của SARS-CoV thành 6 vùng chức năng, trong đó miền III bao gồm một kênh ion (từ vị trí 91 đến 133) [41]. Khi so sánh trình tự miền này với các chủng vi rút khác nhau, chúng tôi nhận thấy rằng phần lớn các axít amin đều được bảo toàn trên cả 4 chủng vi rút nghiên cứu. Có hai đột biến trên SARS-CoV-2 khác hoàn toàn so với ba chủng protein tương đồng còn lại tại vị trí 104 (Gln thành Pro) và 121 (Cys thành Val). Các đột biến giữa các chủng
22
coronavirus được nghiên cứu nằm tại các vị trí axít amin thứ 101, 117, 119, 120 và 127 (Hình 3.1).
Dựa trên trình tự của SARS-CoV-2 khi so sánh với các chủng CoV khác, các axít amin quan trọng đối với hoạt động của kênh protein 3a được bảo tồn cao giữa các loài, cho thấy vai trò quan trọng của kênh này đối với quá trình sinh lý của vi rút. Qua đó, chúng tôi giả định các vị trí tương tác chính của phối tử đối với kênh protein 3a là những axít amin được bảo tồn giữa các loài coronavirus.