Mặn xâm nhập vào ĐBSCL theo thuỷ triều biển Đông và biển Tây. Tuỳ theo chế độ dòng chảy từ thượng nguồn sông Mê Công, điều kiện khí tượng (mưa, gió, nhiệt độ,…), hệ thống sông kênh, rạch tự nhiên của vùng cùng với những tác động của con người (xây dựng các hệ thống công trình thuỷ lợi, bố trí cơ cấu cây trồng) mà mức độ xâm nhập vào trong sông có sự thay đổi khác nhau.
Nước biển chứa khoảng 35g muối trong một lít (tức 35‰). Tiêu chuẩn độ mặn trong nước uống là < 0,25‰. Nước có độ mặn 0,14‰ thì không ảnh hưởng xấu tới hoa màu. Có vài loại hoa màu chịu đựng được nước có độ mặn 0,36‰. Trên mức này, thực vật thông thường có dấu hiệu suy thoái hay bị chết. Tuy nhiên, có khoảng 3.500 loài thực vật chịu đựng được nước mặn - gọi là nhóm halophytes. Trong số này, thực vật trong rừng ngập mặn, đứng đầu chịu mặn là cây Mấm (Avicennia alba). Một số loài thực vật trong sa mạc cũng chịu đựng được nước mặn. Lúa thông thường không thể canh tác khi nước có độ mặn quá 4‰.
Các giống lúa thông thường bắt đầu có triệu chứng chậm phát triển ở độ mặn 2‰, tuy nhiên có một số giống lúa kháng mặn như CSR10 của Australia vẫn cho năng xuất khá. Yêu cầu nước uống cho gia súc có độ mặn dưới 1,5‰. Cá nước ngọt có thể sống được ở trong môi trường độ mặn 15‰.
- Ảnh hưởng mặn các năm 1993 - 2001:
Vì ảnh hưởng thủy triều và lưu lượng nước sông xuống thấp trong mùa khô, nên nước biển xâm nhập sâu vào nội địa. Trong những năm hạn hán 1993 và 1998, lưu lượng nước sông Cửu Long xuống rất thấp, nên khoảng 1/3 diện tích Cà Mau bị nhiễm mặn 4‰, không canh tác được. Năm 1999, riêng tại các tỉnh Bến Tre, Trà Vinh, Tiền Giang và Cà Mau
31
khoảng 100.000 ha đất canh tác bị nhiễm mặn. Ngay đầu năm 2001, khi bắt đầu mùa mưa vào tháng 5, một số tỉnh ở ĐBSCL vẫn bị nước mặn ảnh hưởng.