Những nhân vật trong lãnh địa hư cấu còn được thể hiện qua cấu trúc phân nhánh: An trong mối quan hệ với nhân vật hư cấu và nhân vật lịch sử. Những đứa con ông giáo Hiến được phân thành những nhánh khác nhau: về tính cách thì Kiên liêm cẩn đến nhút nhát, Chinh thì sức mạnh dồn lên cả cơ bắp, An và Lãng có chút tâm hồn nghệ sĩ yêu thơ và thích thơ Đỗ Phủ. Sự phân nhánh còn thể hiện rất rõ ở mỗi đứa con ông giáo Hiến trong việc khơi nguồn dòng lũ sông Côn: Kiên chán chường cảnh chết chóc nơi chiến địa, an phận với vợ goá viên cai cơ; Chinh nhập cuộc, say bao hành và chết thảm; Lãng tham dự vào Nam tiến, Bắc tiến với chức danh sử quan không chính thức, với tâm hồn nghệ sĩ cuối cùng bị đào thải sống buông thả, lãng tử; An đứng ngoài lịch sử, không nhập vào lịch sử chấp nhận cảnh sống trong cảnh goá bụa. Lợi - con rể nhập cuộc, cơ hội bị loại khỏi chính trường, làm phản và bị hành quyết.
Tuyến nhân vật lịch sử, tuyến nhân vật hư cấu được đặt trong trật tự tuyến tính của cuộc khởi nghĩa Tây Sơn, gia đình ông giáo Hiến di chuyển theo chiều cuốn của cuộc khởi nghĩa được đặt trong thời gian lịch sử. Đặt các tuyến nhân vật trong trật tự tuyến tính tạo ra sự liền mạch của cốt truyện vừa có giá trị trung thành với lịch sử, vừa tạo ra sức cuốn hút và dễ tiếp cận tác phẩm đối với người đọc. Trật tự tuyến tính tạo nên lối viết truyện theo kết cấu truyền thống của các tác phẩm thuộc thể loại văn xuôi.
Để gắn nối giữa hai tuyến: nhân vật lịch sử và nhân vật tiểu thuyết, Nguyễn Mộng Giác còn sử dụng hình thức đan xen. Đan xen giữa sự kiện hư cấu với sự kiện lịch sử. Có thể thấy sự đan xen ấy qua sự xuất hiện của gia đình ông giáo Hiến với anh em họ Nguyễn Tây Sơn, ở An Thái, ở Tây Sơn thượng trong buổi đầu dựng cờ khởi nghĩa. Sự đan xen bằng tình cảm giữa hư cấu và lịch sử - giữa Huệ và An bằng tình yêu câm lặng. Sự đan xen giữa những năm tháng trận mạc của Huệ với sự trở về thăm thầy- ông giáo Hiến, thăm An một nhân vật giai nhân. Hình thức đan xen trong cấu trúc làm nên sự gắn bó lô gíc giữa hai tuyến của tác phẩm, đồng thời sự đan xen ấy còn tạo nên chất anh hùng ca hoà quyện với chất tình ca trong tác phẩm. Đan xen còn làm cho tác phẩm sống động, làm cho giữa lịch sử với hư cấu, giữa việc trung thành với lịch sử và hư cấu trong tiểu thuyết nhập chung vào dòng chảy của nội dung một cách hợp lý.
Sự thể hiện đa dạng của lớp cấu trúc nhằm hoàn thiện khung kết cấu của tác phẩm, Nguyễn Mộng Giác còn sử dụng hình thức kết cấu có tính đối ảnh. Trong việc xây dựng nhân vật, để tạo tính cách điển hình nổi bật, tác giả xây dựng nền bằng các nhân vật khác để làm nổi bật nhân vật chính. Nhân vật Lợi có lối sống cơ hội, được sống trong điều kiện có cơ hội để trục lợi và trục lợi hữu hiệu, trái lại hai nhân vật: Kiên và Lãng được tham dự ở những vị trí không thiếu cơ hội kiếm chác, trục lợi nhưng lại thờ ơ, dửng dưng. Kiên dành nhiều thời gian giúp đỡ người vợ không chính thức -
vợ viên cai cơ - bán hàng. Lãng sống như một nghệ sĩ, như một lãng tử, khi thất sủng với hai bàn tay trắng, vô nghề nghiệp. Đối ảnh còn được tác giả thể hiện qua việc đan xen giữa nhân vật ông đồ - ông giáo Hiến, nhân vật hư cấu cố cựu, bảo thủ, tụt hậu bị loại khỏi cuộc chơi chính trường với ông đồ Trần Văn Kỷ - nhân vật lịch sử cách tân, hợp thời.
Một hình thức cấu trúc khác được Nguyễn Mộng Giác thể hiện là hình thức xâu chuỗi tạo nên sự liền mạch cho tác phẩm. Để xây dựng hình tượng người phụ nữ, tác giả xây dựng ba nhân vật: Bà giáo Hiến - An - Thái như là cuộc chạy tiếp sức song song với lịch sử. Sự chuyển tiếp, bàn giao thế hệ càng làm nổi bật hình tượng người phụ nữ có số phận nghiệt ngã như là sự truyền kỳ, truyền kiếp. Lũ sông Côn đã tác động tới ba thế hệ phụ nữ, tạo thành tiếng nói nhân đạo, giá trị nhân đạo ngưng tụ bởi cảm hứng nhân đạo. Sự xâu chuỗi trong tác phẩm còn được thể hiện qua việc xây dựng tính cách và số phận của nhân vật An: một An vị thành niên, đến một An thiếu nữ, đến một An làm mẹ, một An chinh phụ, một An mệnh phụ phu nhân, một An quả phụ. Sự xâu chuỗi này đặt trong trật tự tuyến tính tạo nên sự hấp dẫn của câu chuyện thông qua nhân vật hư cấu trung tâm. Nhân vật trí thức thời loạn cũng được xây dựng theo lối kết cấu xâu chuỗi: ông giáo Hiến - Trần Văn Kỷ - sĩ phu Bắc Hà. Sự xâu chuỗi này tạo nên sự gắn nối giữa nhân vật trí thức hư cấu và nhân vật trí thức lịch sử.
Như trên đã trình bày, qua "Sông Côn mùa lũ", Nguyễn Mộng Giác đã sử dụng một cách đậm nét những hình thức cấu trúc: phân nhánh, lan toả, trật tự tuyến tính, đan xen, đối ảnh, xâu chuỗi; có thể xem đây là những yếu tố quan trọng có tính quyết định trong việc thể hiện nội dung của tác phẩm. Hơn thế nữa, tác giả còn sử dụng mối quan hệ lô gíc để tái hiện cuộc sống, tái hiện lịch sử bằng sự thống nhất giữa không gian lịch sử và không gian sáng tạo; giữa thời gian lịch sử và thời gian sáng tạo. Sự đồng nhất này
tạo lên sự thành công về phương diện nội dung của "Sông Côn mùa lũ" cả lịch sử và tiểu thuyết trong tiểu thuyết lịch sử.