Tuy nhiên do công ty mới thành lập đợc ít năm nên không tránh khỏi những khó khăn và vẫn còn những mặt hạn chế nhất định. Đó là:
+ Thứ nhất , Về việc tổ chức kế toán tập hợp chi phí và tính giá thành sản phẩm cha đợc chặt chẽ, toàn diện, vì thế giá thành sản phẩm cha đợc phản ánh đúng bản chất của nó. Trong giá thành sản phẩm xây lắp của công ty, nguyên vật liệu chiếm tỷ trọng lớn nên việc tiết kiệm nguyên vật liệu là một trong những hớng chính để tạo điều kiện hạ giá thành sản phẩm. Việc khoán sản phẩm đi đôi với việc khoán nguyên vật liệu, giờ công và các chi phí phân bổ khác theo định mức là khá hiệu quả. Tuy nhiên vẫn còn kẽ hở về chi phí nguyên vật liệu do đội tự mua theo nhu cầu sản xuất. Phần nguyên vật liệu này làm cho giá thành sản phẩm có phần cao hơn hoặc chất lợng cha đợc đảm bảo....
+ Thứ hai, Việc phân loại chi phí sản xuất theo khoản mục tính giá thành của sản phẩm xây lắp tại công ty cha đáp ứng đợc nhu cầu thông tin cho việc phân tích đánh giá chi phí sản xuất và tính giá thành. Bất kỳ một công trình nào bắt đầu tiến hành thi công nên có một bảng dự toán chi phí, trong đó có 4 khoản mục: Chi phí nguyên vật liệu, chi phí nhân công, chi phí sử dụng máy, chi phí sản xuất chung. Mặc dù tỷ trọng của chi phí sử dụng máy không lớn trong tổng giá thành nhng việc hạch toán đúng chi phí và đa thông tin rõ ràng về khoản mục chi phí sử dụng máy thi công là vấn đề có ý nghĩa quan trọng. Hiện nay khoa học kỹ thuật đã phát triển,
những máy móc hiện đại đã thay thế dần những công việc nặng nhọc của ngời công nhân xây dựng lại càng đặt ra cho kế toán vấn đề là phải phản ánh đầy đủ, rõ ràng hao phí cho việc sử dụng chúng. Đây chính là đặc thù của kế toán trong các đơn vị xây lắp. Tuy nhiên bây giờ không những tại Công ty Xây lắp Vật t Kỹ thuật TEMATCO mà các doanh nghiệp xây lắp nói chung, khoản mục chi phí sử dụng máy vẫn cha đợc hạch toán rõ ràng . Vai trò của máy thi công trong xây dựng càng ngày càng quan trọng do đó phản ánh đầy đủ, chính xác khoản mục chi phí này mang ý nghĩa to lớn trong việc thông tin cho cấp lãnh đạo doanh nghiệp đề ra những phơng án đầu t thích hợp để hạ giá thành công trình.
+ Thứ 3, Việc phản ánh chi phí phát sinh của công trình thi công là không kịp thời . Nguyên nhân là do chứng từ các đội thi công chuyển nên không thờng xuyên mà theo định kỳ. Điều này ảnh hởng đến thông tin cho lãnh đạo doanh nghiệp trong việc kiểm soát chi phí một cách chặt chẽ. Đây cũng là nguyên nhân làm cho chi phí thực tế tăng so với dự toán.