- Nguyên lý: Trong dung dịch phân tử DNA tích điện âm (-), do đó khi có mặt của dòng điện, phân tử DNA sẽ di chuyển về phía cực dương (+). Sản phẩm khuếch đại DNA có kích thước khác nhau nên khi tiến hành chạy điện di sẽ di chuyển với tốc độ khác nhau trên gel theo nguyên tắc đoạn ngắn chạy xa, đoạn dài chạy chậm.
Trong điện di DNA, sau khi phân tách các phân tử bằng điện di, người ta sử dụng phương pháp làm hiện hình để phát hiện các phân tử DNA. Đối với điện di sử dụng gel agarose, sau khi điện di nhuộm bản gel bằng ethidium bromie, chất này sẽ gắn xem vào giữa các base nitơ của phân tử DNA và phát quang dưới tia tử ngoại. Do đó, dễ dàng phát hiện vị trí của DNA trên bản gel và có thể phân biệt được các phân tử DNA trên cùng một bản gel.
Trong điện di người ta sử dụng thang DNA chuẩn (maker), maker sẽ chạy cùng các mẫu DNA. Do đó, người ta có thể so sánh hình ảnh của maker và DNA để xác định kích thước xem có đạt yêu cầu hay không.
Quy trình
Chuẩn bị gel agarose 1,5%:
- Chuẩn bị trước khay điện di, lược tạo giếng: tùy thuộc vào số lượng mẫu DNA cần kiểm tra mà chọn loại khay và răng lược thích hợp.
- Cho 50 ml dung dịch đệm TBE 1X (pha từ dung dịch TBE 10X) vào lọ thủy tinh sạch. Cân 0.75g bột thạch agarose rồi cho vào lọ thủy tinh đã chuẩn bị.
- Đun nóng hỗn hợp trong lò vi sóng đến khi bột thạch agarose tan hết tạo thành một dung dịch trong suốt.
- Đợi nhiệt độ của thạch hạ về khoảng 60°C rồi đổ vào khay điện di đã cắm sẵn lược.
- Để khoảng 60 phút ở nhiệt độ phòng cho đến khi gel đông hoàn toàn.
- Để bản gel ngâm chìm trong bể điện di đã có sẵn dung dịch đệm TBE, chú ý đặt bản gel một cách ngay ngắn.
Chuẩn bị mẫu điện di:
- Tra 5 µl sản phẩm PCR vào các giếng trên bản gel.
- Tra 3 µl Maker loại 100bp vào giếng số 1.
Tiến hành chạy điện di: Tiến hành chạy điện di các mẫu DNA cùng với Maker ở hiệu điện thế 150V trong vòng 15 phút.
Nhuộm bản gel điện di và chụp ảnh:
- Ngâm bản gel điện di vào dung dịch Ethidium bromide trong 5 phút.
- Rửa bản gel bằng nước để loại bỏ thuốc nhuộm còn dư và cặn.
- Bản gel sau khi nhuộm được soi bằng đèn tử ngoại (UV). Quan sát các băng sản phẩm PCR xuất hiện trên gel sau đó chụp ảnh lại.