Sau khi thực hiện PCR theo bảng 3, bảng 4 và phân tích sản phẩm PCR trên gel agarose 3% ta thấy:
Với marker S4019A (hình 5A) các mẫu không có sự khác biệt về kích thước phân tử. Ngoài band cần phân tích khoảng 270 (bp) thì xuất hiện khá nhiều band phụ. Nên ta không thể xác định tính liên kết giữa marker S4019A và gen kháng rầy.
Với 2 marker B43 (hình 5B) và 7312.T4 (hình 5C) cho ra kết quả đơn hình nhưng giữa các band có độ sáng mờ không đồng nhất. Nguyên nhân nồng độ DNA chưa đồng đều giữa các mẫu, thời gian phản ứng PCR còn ngắn nên sản phẩm PCR được nhân lên ít.
A B 1 2 3 4 5 6 2 3 4 5 6 2 3 4 5 6 7 500bp 120bp 140bp 120bp 500bp 800bp 500bp 270bp 130bp RM13 RM190 RM270 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 band phụ
Chuyên ngành Công nghệ Sinh học 31 Viện NC & PT Công nghệ Sinh học
C
Hình 5. Kết quả điện di sản phẩm PCR gel agarose 3% sử dụng marker S4019 (A), B43 (B), 7312.T4 (C)
Giếng 1: Ladder 100bp, giếng 2: OM4495, giếng 3: 567/7/1 (ĐC), giếng 4: IR50404, giếng 5: OM5637 (A2), giếng 6: MTL560, giếng 7: OMCS2000 (ĐCA1), giếng 8: OM6561-12 (A2), giếng 9: MTL664, giếng 10: MTL499, giếng 11: TRẮNG TÉP, giếng 12: đối chứng âm (H20), giếng 13: MTL495, giếng 14. NV1, giếng 15: HĐ1, giếng 16: MTL500, giếng 17: OM4900, giếng 18: MTL589
Qua thí nghiệm 1 ta thấy, các marker RM13, RM270, B43, S4019A, 7312.T4 chưa thể hiện rõ tính liên kết với gen kháng rầy, marker RM190 thể hiện tính đa hình. Bên cạnh đó, kết quả điện di ta thấy band trên gel mờ, ngoài band cần phân tích ứng với từng marker còn xuất hiện band không mong muốn, điều này ảnh hưởng đến sự phân tích. Do đó cần tiến hành tối ưu điều kiện PCR. Theo đó ta cần tiếp tục khảo sát với một số giống lúa khác.