M methionine * translation stop
TẠO CÂY PHÁT SINH LOÀI TỪ TRÌNH TỰ DNA 1 Mục đích, nguyên tắc
1. Mục đích, nguyên tắc
Cây phát sinh loài là công cụ thể hiện mức độ tương đồng giữa các trình tự qua quá trình tiến hóa. Chúng ta có thể tạo cây phát sinh loài từ kết quả so sánh các trình tự tương đồng thông qua hai phần mềm ClustalX (1.81) và TreeView (có thể download dễ dàng từ Internet).
2. Công cụ và cách sử dụng
ClustalX là một phần mềm (giao diện Windows) dùng để so sánh tương đồng nhiều trình tự DNA. Nó mô tả kết quả bằng hệ thống các màu sắc và làm nổi bật những nét đặc trưng trong những đoạn tương đồng.
TreeView là một phần mềm dùng để vẽ cây phát sinh loài. Phần mềm này thực hiện đọc kết quả so sánh từ những tập tin dạng NEXUS (NEXUS tree) của các chương trình PAUP và COMPONENT NEXUS hoặc những tập tin dạng PHYLIP (PHYLIP tree) của các chương trình fastDNAml, ClustalX và ClustalW.
• Mở chương trình ClustalX trên desktop.
• Lựa chọn chức năng Multiple Alignment Mode.
• Từ menu File, chọn Load Sequences.Trong hộp Open, chọn tập tin chứa các
trình tự cần so sánh. Nhấn nút Open.
• Chọn Do Complete Alignment trong menu Alignment. Xác định vị trí cho tập
tin xuất rồi nhấn nút Align.
Kết quả xuất hiện các trình tự so sánh tương đồng. Các vị trí trình tự giống nhau sẽ được thể hiện cùng một màu sắc (mỗi loại nucleotide một màu) và được đánh dấu
Ta có thể nhận xét mức độ tương đồng của các trình tự thông qua sự tương đồng về màu sắc và dạng đồ thị bên dưới. Để tạo cây phá sinh loài dạng PHYLIP chúng ta lần lượt thực hiện các bước
• Trong menu Trees, chọn chức năng Draw N-J Trees.
• Trong hộp DRAW TREEta chọn nútOKđể lưu tập tin dạng *.ph.
• Mở chương trình TreeView trên desktop. Từ menu File, chọn Open.
• Trong hộp Open, chọn tập tin *.ph và Files of type là All tree files. Một trang kết quả cây phát sinh loài sẽ xuất hiện tương tự:
Chúng ta có thể thay đổi kiểu trình bày cây phát sinh loài bằng cách nhấn vào các nút Phylogram, Rectanglar Cladogram, Cladogram, Radial tree.
3. Thực hành
• Mở chương trình ClustalX trên desktop.
• Lựa chọn chức năng Multiple Alignment Mode.
• Chọn trình tự trong tập tin Clustax-DNA-32.txt trong thư mục “baitap”.
Câu hỏi: Nhận xét gì về mức độ tương đồng của các trình tự trong tập tin Clustax- DNA-32.txt?
Trả lời:
Nhận xét mức độ tương đồng của các trình tự sự tương đồng về màu sắc (mỗi loại nucleotide một màu) và dạng đồ thị bên dưới.
• Trong menu Trees, chọn chức năng Draw N-J Trees.
• Trong hộp DRAW TREEta chọn nútOKđể lưu tập tin dạng *.ph.
• Mở chương trình TreeView trên desktop. Từ menu File, chọn Open.
• Trong hộp Open, chọn tập tin Clustax-DNA-32.ph trong thu mục “baitap” và
Files of type là All tree files.
Một trang kết quả cây phát sinh loài sẽ xuất hiện
Câu hỏi: Nhận xét gì về cấu trúc cây phát sinh loài? Trả lời:
PPHHAAÀNÀN IIII