M methionine * translation stop
2.Công cụ và cách thực hiện
Để tìm các khung đọc mở có thể có trong một trình tự DNA, chúng ta sử dụng
một chương trình có tên là ORF finder của NCBI. Chương trình này sẽ tìm kiếm
những khung đọc mở có thể có của trình tự nhập vào và trình tự bổ sung của nó. Sau đó đưa ra bản đồ khung đọc mở với các trình tự đã dịch mã thành trình tự amino acid.
• Mở trang ORF finder từ trang chủ NCBI bằng cách nhấn vào dòng ORF
• Nhập trình tự DNA vào hộp trình tự (sequence in FASTA format) hoặc mã số trình tự vào hộp GI or ACESSSION (nếu muốn dùng toàn bộ trình tự trong cơ sở dữ liệu).
• Lựa vị trí dịch mã (From: ooooo To: ooooo ) và kiểu mã di truyền.
• Nhấn nút OrfFind để thực hiện chương trình.
Đợi kết quả xuất hiện sau vài phút (hoặc có thể lâu hơn). Kết quả có sáu khung dịch mã xuất hiện. Các khung đọc mở (nếu có) sẽ là những thanh có màu sậm
hơn. Lựa chọn giới hạn cách thể hiện bằng trị số trong mục Redraw (50, 100, 300).
Kết quả thể hiện có dạng tương tự:
• Nhấn lên trình tự khung đọc mở sẽ thấy hiện lên trình tự DNA và trình tự
dịch mã amino acid tương tự kết quả bên dưới.
3. Thực hành
Chúng ta thực hành xác định khung đọc mở của trình tự gen LT. Mở tập tin ORF-DNA-1310LT.txt trong thư mục “baitap”.
• Mở trang ORF findertừ trang chủ NCBI.
Codon bắt đầu
Codon kết thúc Các khung đọc mở
• Chép trình tự DNA trong tập tin ORF-DNA-1310LT.txt (dạng tập tin văn bản text) vào hộp trình tự (sequence in FASTA format).
• Lựa chọn dịch mã từ 1 đến 1000 và mã di truyền là Bacteria code.
• Nhấn nút OrfFind để thực hiện chương trình.
Kết quả có sáu bản dịch xuất hiện và mỗi bản là một khung đọc mở. LT (lymphotoxin) là một protein có mạch polypeptide là 205 amino acid nên cần có một khung đọc mở với 618 base.
• Chọn thể hiện khung đọc mở có kích thước lớn hơn 300 nucleotide bằng
cách lựa chọn trị số 300 ở menu Redraw và nhấn Redraw.
Câu hỏi: Có bao nhiêu khung đọc mở có kích thước trên 300 nucleotide?
Tìm khung đọc mở nào cho ra một polypeptide có kích thước đúng với độc tố LT?
• Nhấn lên trình tự khung đọc mở sẽ thấy hiện lên trình tự DNA và trình tự dịch mã amino acid.
Câu hỏi: Có nhận xét gì về kích thước trình tự amino acid? Các vị trí codon có được đánh dấu?
Bài 6.