M methionine * translation stop
4 Tỷ số tương đồng được tính toán bởi Nucleotide BLAST.
0.003 – Giá trị E là xác suất của tương đồng xuất hiện không ngẫu nhiên (giá
trị này càng nhỏ càng thì mức độ tương đồng càng cao).
2.2. Protein – Protein BLAST
Sử dụng tương tự chức năng Nucleotide BLAST.
• Mở trang Protein BLAST bằng cách nhấn vào dòng blastp trong trang BLAST.
Trang protein BLAST sẽ có dạng:
• Trong hộp nhập thông tin (Search), nhập vào toàn bộ trình tự amino acid.
Chọn chiều dài giới hạn vùng cần tìm (From: ooooo To: ooooo ), cơ sở dữ liệu là nr (non-redundant).
• Nhấn vào nút Format! và đợi đến khi xuất hiện kết quả (có thể trong nhiều
phút hoặc lâu hơn).
Chương trình sẽ trả lời kết quả bằng một trang web chứa những trình tự gần giống nhất so với trình tự amino acid cần tìm (tương tự dạng Nucleotide BLAST).
3. Thực hành
3.1. Nucleotide – Nucleotide BLAST
• Mở chương trình BLAST bằng cách nhấn vào dòng BLAST trong các trang
của NCBI. Mở chương trình Nucleotide BLAST bằng cách nhấn lên dòng
blastn.
• Chép trình DNA tự trong tập tin Blast-DNA-32.txt vào khung nhập trình tự
(Search). Lựa chọn chức năng blastn và nr, đặt chiều dài giới hạn từ 1 đến 32 trong mục From và To.
• Nhấn nút BLAST! để bắt đầu chương trình.
Kết quả sẽ hiện lên trang formatting BLAST.
• Nhấn vào nút Format! để mở trang kết quả tìm kiếm và chờ đợi (có thể kéo
dài vài phút hoặc lâu hơn).
Câu hỏi: Chiều dài của đoạn DNA bắt cặp tốt nhất với trình tự ta dò tìm là bao nhiêu?
Đoạn DNA này thuộc loài nào?
Tên của gen được mã hóa bởi trình tự này? Trả lời:
3.2. Protein – Protein BLAST
Tìm trong thư mục “baitap” tập tin chứa có tên là Blast-protein-72.txt chứa một đoạn trình tự protein (độc tố ST).
• Mở trang Protein BLAST bằng cách nhấn vào dòng blastp trong trang BLAST.
• Trong hộp nhập thông tin (Search), chép trình toàn bộ trình tự amino acid
trong tập tin Blast-protein-72.txt vào. Chọn trình tự BLAST từ 1 đến 72, chọn cơ sở dữ liệu là nr.
• Nhấn vào nút BLAST!, một cửa sổ mới sẽ xuất hiện.
• Nhấn vào nút Format! để mở trang kết quả tìm kiếm và đợi đến khi xuất
hiện kết quả (có thể trong nhiều phút hoặc lâu hơn). Kết quả xuất hiện tương tự dạng Nucleotide BLAST. Câu hỏi: Những dạng protein họ hàng với độc tố ST? Trả lời:
Bài 5.